mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CTCTGTAAACTAATATAAGAG CTCATATTAGTTTACGGAGGG AATGAAATTAAAAAGTACTTCCTCTGTAAACTAATATAAGAGTGTTTAGATCACTAAAGTAGTGATCCAAACGCTCTCATATTAGTTTACGGAGGGAGTAGTACCCACTAATGA ATACAGGGTATACACATAGAGATTTGGGAGATTGTTGGGGTCGGTTACACATAGACACAGCAGTAGAAAAGAAAATGAAATTAAAAAGTAGTACCCACTGATCATTTCACCATGACAAAGAAAATGAAATTAAAAAGTACTTCCTCTGTAAACTAATATAAGAGTGTTTAGATCACTAAAGTAGTGATCCAAACGCTCTCATATTAGTTTACGGAGGGAGTAGTACCCACTAATGATTTCATCATGACGAATCGTGGTAGCTCCTCCAGCTTCAGGGCAGGTCTTGTCGGTAACAGGACAAGTTTATACCTCAAGTGTTGCTTAACTGCTTCGCTGTAGGAACCCTTGAGCCAAACTTCCTTGAGGCCATCTAATAATTCCAGCCCAGAAACCTCCAAAGACGCCTCAGTAGTAGAGCAGTGAACCACTACCACCTCAAGAAAACGAGATGTCCAAAGTCCAAAAACTATCTCTGTCTTGTAGCTGCAATGGATCTTGAGGACCTTGAAAAGGTAACAATTAGAGAAACCAAACTTGAGCTTACCATCTTGAACCGGCTTGACACAAACACGCAGCTTAGGAAAACTGAAGCGACTCCATTGCAAATCTATAAGGCAGTCTATGTCGTCTTGGGTTGATAGGGTCAACTCAAGGCAG 1 0 5' arm Hordeum_vulgare mirnest MIR1122 8e-27 tae-MIR1121 4e-22 -51.5 ...............((((((((((((((((((((((.(((((((((.((((((((...)))))))).))))))))).)))))))))))))))))))))).............. (-51.5)