mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTATGGGACAGAGGGAGTAAT TGCTCCCTCCATCCAATGACA AGCTAAACTAATGCTCCCTCCATCCAATGACATAAGAATGTTTTTAAAGCTATCATAATATAAGCAAAACATTCTTATATTACGATAGCTTGCAAAACATTCTTATATTATGGGACAGAGGGAGTAATATAGAAAC GGTTTTTCCATTACCCAGCTTATAGGAAAGCAAAACAAAAGATCTATACAAATAGGAGAACCACTTAACCAAAACAGTGTACACCACAGGACTAGGACAGAAAGCTAAACTAATGCTCCCTCCATCCAATGACATAAGAATGTTTTTAAAGCTATCATAATATAAGCAAAACATTCTTATATTACGATAGCTTGCAAAACATTCTTATATTATGGGACAGAGGGAGTAATATAGAAACAATAGCCACAAATACGTGGCAGCAAAGCACAGGATAGCCCGGTAAATAAAATGGGAACAGTAGAGTACTGCAGAAGACGTCAACAGAGCTCGACATGCCAGAAAAATCTCCATGTTTGCGGTTGCAGGGAGGCTTGAGTTGGGTTCTGAACGGTGAGTATGGTGCCCGAGCACCACACATGTCCTCACCAGCTCCTTCTCAGGGTTCTTCTGAAGTAGCTTCCTCTGCTGGTGCTACGTTCAGATAACTGGACAGTTCAAAAGGGTGGGCTGGGTTGTAATACCCTTCGAGAGGAAACGGTGCCAATTCGACCAGTATCTTCTTTTTCAGGTCAACAGTGATCAGCCATGACTTTTTGCTGCCAGATTTCGATTCACACAACATGTAAACGACATCATCGCAATGGCTTGCCAAGGTTGGG 5 0 3' arm Hordeum_vulgare mirnest MIR1122 0.000000002 tae-MIR1120 0.0000004 -50.5 ...........(((((((((..(((.((((.(((((((((((((..((((((((.(((((((((.........))))))))).))))))))..))))))))))))).)))).)))..))))))))).......... (-50.5)