mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GTATTCCCTCCGTCCCAAATA TTTTGAGACGGAGGGAGTAGTA GTCATTTTTCAGTACTTGAGCTGTAGGAATCTCCATGGCATGTATTCCCTCCGTCCCAAATAAGTGACTCAACTTTATACTAAACTTAATATAAAATTAAATCATTTATTTTGAGACGGAGGGAGTAGTAGTGAGCTAAACGCTCTTATATTTCTTTATGAAGGGAGT GTCATTTTTCAGTACTTGAGCTGTAGGAATCTCCATGGCATGTATTCCCTCCGTCCCAAATAAGTGACTCAACTTTATACTAAACTTAATATAAAATTAAATCATTTATTTTGAGACGGAGGGAGTAGTAGTGAGCTAAACGCTCTTATATTTCTTTATGAAGGGAGTACTACCGTATCAAAATGTAAGGTGTTTTGATCACTCCCTTTTGCAACTTACTACTATGTGATCCTCTATTTCTAAATAGCTGCCTTCCATTA 2 1 5' arm Hordeum_vulgare mirnest MIR1122 0.00000000001 tae-MIR1121 0.0000000006 -47.3 ........(((.....)))(((((.(((...))))))))...(((((((((((((.(((((((((((...((.((((((.((....)).)))))).))...))))))).)))).))))))))))))).....((((.....))))....((((((((...)))))))) (-47.3)