mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CTTATATTATGGGACGGAGGG CATCCGTCCCATAATATAAGAT ATTTATTTCTCCCATCCGTCCCATAATATAAGATGTTATTACAGCCAATATGTGAGCGTTATTATGGCGCTTATATTATGGGACGGAGGGATTAGCTTC AGGGACACAAAACAGGAGAGGCTGATTGAAGAGGAGGAAACAGTCACTTCATTTTCACTTTCGGAAGATGGTGATTTCTTGCTTGTTAATCTTATAAATGAGCAGATTCATTTGTGGAACATAAGGAATGATCCCATTCGAGTTAAACGGTACACTGGCCATAAGCGCAGCCGGTTTGTGATAAGGTCATGTTTCGGTGGATCTGAGCAGGCCTTTATTGCCAGTGGAAGCGAAGACGCAAAGGTATGATATATATTGACTGTGGATGCAAATAAGTATGATATATATTGACTGTGGATGCAAATAGATCAATAAATTACGTTGTCCACACCATTTATATTATTTATTTCTCCCATCCGTCCCATAATATAAGATGTTATTACAGCCAATATGTGAGCGTTATTATGGCGCTTATATTATGGGACGGAGGGATTAGCTTCCAGATAAAGGCTAGATTCTAGAAACTTCGAAGTTATATTTGCTATCTTGCAAGCCAGTGTTACTGGAGAACCTAGTGACTGAACTGGAACAGCCGCCTTCTACTGTATCTAATAGAGCATAACAAGATATACAACAATTTGTGACATTTTCAATGTCATTGGTTCAGTTGGGAAAG 0 1 3' arm Hordeum_vulgare mirnest MIR1122 0.000000006 tae-MIR1120 0.00002 -38.4 .........((((.((((((((((((((((((.((((((.((.((((.....)).))))....))))))))))))))))))))))))))))........ (-38.4)