mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TATTATGGGACGGAGGGAGTA CTACTCCGTCCCATAATATA CTACAGCAGTACTACTCCGTCCCATAATATAAGACGTTTTAGCTTGCAAAGCCGTCCTATATTATGGGACGGAGGGAGTACTAGATAA AATTTGGCAACATTAAAACATATCCGTCAGTACCATCATTAGCTACAAAACAACATTTGGAACAGGTTTCTAGCATACACACCACTAGAACATATGCCATATTACCACTACAGCAGTACTACTCCGTCCCATAATATAAGACGTTTTAGCTTGCAAAGCCGTCCTATATTATGGGACGGAGGGAGTACTAGATAACTTGGAACAGGTTTCTAGCATACACCACTACGATAAATGCCATAATACTGCTACACTAACATATAATGCACGGATTACATGAGTTAAAGATGATCTCATGTCATCACTCAGAACTGAAACATGACCAAGCAACACGAACTTCCATACTACATGAGCCAACACAGAGATTGATACCTGGGGGACTTACACCGGCTCTATGAGGTTTTAAAACTGCTTCGCTGGTCTCGGCAGCATATCCCTTGTTAATTGGAAATGCCATTACAGAAACCTTCAGGTTCCTCTCAAGTTTAACAGAGACCACAGGTCGTGAGAGAGTGATCACGCCATTAGCATCAACAGGCAATCCACCATCTCCAAAATCAAGTAACTTGACTTGCAGGTTGTCATCACTACCGGAGGCAGCACTAAACACGCCCCGAAAACCATCTGGCCACGACCCGTCAATAATTCTTATGAAGACTGTGGCCTCAACAGAGTGATAAATATGATCAAATTTAAT 1 1 3' arm Hordeum_vulgare mirnest MIR1122 0.00000008 osa-MIR818d 0.00000002 -39.7 .......((((((.(((((((((((((((((.((((.....((((...)))))))).)))))))))))))))))..))))))...... (-39.7)