mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CCTCCGTCTCATAATGTAAGA TTACACTGTGGGACGGAGGAA GCCTATTACTCCCTCCGTCTCATAATGTAAGACGTTTTTGCAAGCTAAAACAACTTGCAAAAACATCTTACACTGTGGGACGGAGGAAGTACATCT AGTTCTTTACACTTGAATGTCAAGGTACTGCTCACAGTTAAATCAGGGTTTCCACTTTATACAGATACACAACTTATGCACAATTCAACAAGATACATAATTAATCTTGCTGTGTTTGCTACTTTGCGATGAATGAAGGATGGTACACAGAGACTGTTAATTATTCAATTCCAAGAACGTGCTTCAGATTTATCTCTGCCATCATTCTGCTTCAGATTTTTAAATCCAAAAGAACTGTGACAGTGACCTCATATCAACAAACATTACATCCTGGAGCATCCAAACTAACACAGCCTATTACTCCCTCCGTCTCATAATGTAAGACGTTTTTGCAAGCTAAAACAACTTGCAAAAACATCTTACACTGTGGGACGGAGGAAGTACATCTCAAGACATTAAAGTTGAAACTTCACCAATTGGGTACTTGCTAGTCGATTTCAACAATCTCCTAGTCTCGTCATCCATTGAGACCTTATCCTGGTCCATTCGTTCATCTATTATCAGAGGCATCATCTCAGCTTTAGCGTACGTGCGCAGGACCAAGTTATATATCACAG 1 0 5' arm Hordeum_vulgare mirnest MIR1122 0.00000000009 tae-MIR1130 0.000000001 -47.4 ......((((.(((((((((((((.(((((((.(((((((((((.........))))))))))).))))))).))))))))))))).))))..... (-47.4)