mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TACTCCCTCCGTCTCAAAATA TTTTGGAACGGAGGGAGTACT AAAGCTTGGCATGTACTCCCTCCGTCTCAAAATAACTGTCTCAACTTTGTACTAGCTCTAGTATAAAATTGTACTAAGCTTGAGACACTTATTTTGGAACGGAGGGAGTACTACTATAGCTT CGGCACGAGGATGATATATCATGTATACTTGATAGCCATAACAAAGTAAACACTGGCATACAGCCAAGTATAGCAACAAAGCGTTGAACCATAACAAAGGCATAGCAGAAAGCATCCAGCCATAATAAAGCAAAAGCTTGGCATGTACTCCCTCCGTCTCAAAATAACTGTCTCAACTTTGTACTAGCTCTAGTATAAAATTGTACTAAGCTTGAGACACTTATTTTGGAACGGAGGGAGTACTACTATAGCTTTAGAGTGACGCTGAATTGACGTCCAAATTTAGTACTAACTCACACTATAGCACATTGTTATCAACAAAATCAGTTTAGCACATAACACGTCTAGCTTTTGCGCAATGGCCAGTTATTCCAAATAAAATGCAGTAGTTGGACCACCATCTTCCTTCGCCATGAGACGGCCATGCATGAACCAATGTGTTGCAGAGCGGAGGGCCGAACTACACGGTGGAGCTGGGCAGGTACGACGGGAAGATCTCGACGACGAACAACGTAACGCTCCCGCACGCCGACGACAACCTCGACAGCCTCAATGCCTTCTTCTCAACCTTGGGCCTCTCCCAGGCCGACATGATCGCATTATCAGGTGCCCACACCTTGGGCG 1 0 5' arm Hordeum_vulgare mirnest MIR1122 1e-38 far-MIR1122 0.000006 -53.6 .((((((((...(((((((((((((.(((((((((.(((((((..........((((.(((((((....)))))))))))))))))).))))))))).)))))))))))))..))).))))) (-53.6)