mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTTGGAACGGAGGGAGTACT TACTCCCTCCGTCTCAAAATA AAGCTTGGCATGTACTCCCTCCGTCTCAAAATAACTGTCTCAACTTTGTACTAGCTCTAGTATAAAATTGTACTAAGCTTGAGACACTTATTTTGGAACGGAGGGAGTACTACTATAGCT CGGCACGAGGATGATATATCATGTATACTTGATAGCCATAACAAAGTAAACACTGGCATACAGCCAAGTATAGCAACAAAGCGTTGAACCATAACAAAGGCATAGCAGAAAGCATCCAGCCATAATAAAGCAAAAGCTTGGCATGTACTCCCTCCGTCTCAAAATAACTGTCTCAACTTTGTACTAGCTCTAGTATAAAATTGTACTAAGCTTGAGACACTTATTTTGGAACGGAGGGAGTACTACTATAGCTTTAGAGTGACGCTGAATTGACGTCCAAATTTAGTACTAACTCACACTATAGCACATTGTTATCAACAAAATCAGTTTAGCACATAACACGTCTAGCTTTTGCGCAATGGCCAGTTATTCCAAATAAAATGCAGTAGTTGGACCACCATCTTCCTTCGCCATGAGACGGCCATGCATGAACCAATGTGTTGCAGAGCGGAGGGCCGAACTACACGGTGGAGCTGGGCAGGTACGACGGGAAGATCTCGACGACGAACAACGTAACGCTCCCGCACGCCGACGACAACCTCGACAGCCTCAATGCCTTCTTCTCAACCTTGGGCCTCTCCCAGGCCGACATGATCGCATTATCAGGTGCCCACACCTTGGGCG 2 0 3' arm Hordeum_vulgare mirnest MIR1122 1e-38 far-MIR1122 0.000006 -52.7 .(((((((...(((((((((((((.(((((((((.(((((((..........((((.(((((((....)))))))))))))))))).))))))))).)))))))))))))..))).)))) (-52.7)