mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTTGGAACGGAGGGAGTAGA TACTACTCTGCCCTAAAATA CCATGGACAAACTACTACTCTGCCCTAAAATAAGTGTAGCAAATTTAGTATTAAGTTAGTATAAATTTTATATTAAAACATCAACACTTATTTTGGAACGGAGGGAGTAGATTAGAACTC CGTGCACAACAGGAACACCTTGGTCAAACTTTTAGCAAGGCACACTGGAAATCCACCGGAGAAAATAGACAAGGTGATGAGAGGACCGTTTTATATGGACTCTTTGAAAGCCAAGGAGTTTGGGGTAATTGACAAGATCCTTTGGCGCGGTCAGGAGAAGTACATGTCGGACATGCTCTCCCCTGAGGATTGGGACAAGGTTGCTGGAGTCCGAGGCCCCGGTGGAATGTGAAGTTGTGCACTGGAACTCGAATACCTAGTTAGGCCTTTGAGCTCGCAGTCGCAGAGGCTGAATGCAGATAGTACTACCCAATAATCTTGCCTGTTGAGGATGACAGGTTGTCAGAGCCGAGGGTACCTACTGTACGGACCATGGACAAACTACTACTCTGCCCTAAAATAAGTGTAGCAAATTTAGTATTAAGTTAGTATAAATTTTATATTAAAACATCAACACTTATTTTGGAACGGAGGGAGTAGATTAGAACTCGAACGTATCCTCTCAGGATAGGAGCGAGCGAGTGTTTTTGGTGGAGCTATTGTCACTGTTAGTGCACAGCGTACACGGTTTATGGACACAAAGGGGTGGATGAGGAAAACAACCGA 4 1 3' arm Hordeum_vulgare mirnest MIR1122 3e-17 tae-MIR1137 0.0004 -29.7 ...........(((((.(((((..(((((((((((((......((((((((.(((((......))))).))))))))......)))))))))))))..)))))..))))).......... (-29.7)