mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AAACATAGAGAAGTATGACTT AAGTCAAGCTTCTATATGTTTGA TTAGCATATTACTCCCTCCATTCCAAAATATAAGGCTTATTAGTTATCTGAAAAGTCAAGCTTCTATATGTTTGACCAAGTTCATAGAGAAATTTATCAATATCTACATACCAAATCATTATCATTAAGATTCACTCTTGAAATATATTTTCATGTTTTATTTATTTTATATTTTAGAAGATATGTATATATTTTAAATATAAATCTGGTCAAACATAGAGAAGTATGACTTCTGAAAAAATTAATACACCTTATGTTTTGGAACAGAGTGAGTACATAGT CGGCACGAGGATTACGCTTAGCATATTACTCCCTCCATTCCAAAATATAAGGCTTATTAGTTATCTGAAAAGTCAAGCTTCTATATGTTTGACCAAGTTCATAGAGAAATTTATCAATATCTACATACCAAATCATTATCATTAAGATTCACTCTTGAAATATATTTTCATGTTTTATTTATTTTATATTTTAGAAGATATGTATATATTTTAAATATAAATCTGGTCAAACATAGAGAAGTATGACTTCTGAAAAAATTAATACACCTTATGTTTTGGAACAGAGTGAGTACATAGTATATTGTAGCTATACTTGAGTTAGACCTGTGAATTTGTGACATAGTATATTGTAGCTAGACTTGAATTAGACCTGTGAATTTGTGCAGAAATGATTTTCAGTCTTGAAATAACTGATTGACTCCAGGCATCTACGCGAGGGGCATGAACATAATTCTTCTGAATAAAACTCATGTCCCTGCATCTCCAGTTATTTTTCTCTGTTTCAACTACAACTATACTTGTTTTGCAGCGCCTACCGTGCATTCTACATTCTAAACTGGATTTACCGTTATTTCACGGAGGGCCACCAAAGCAGATGGATCCGTGAGTCCAAATCTTTTCTTTTGTACTGAGGTTTCATGTGCCACGTTTTACCTCAAGTACCATTTACTGATTCTCTTTTTTCTTTCAGCTTGGATTGCTGGTTTGGTCCAAACCGGTCTATATGCTGATTTTTTCTACTACT 2 2 3' arm Hordeum_vulgare mirnest MIR1122 0.000001 far-MIR437 0.0000002 -72.2 .........(((((.(((..(((((((((((((((..((((((((.((.((..(((((.((((((.((((((((((((.(((.(((..(((.((((.............................)))).)))....(((((((((((...((((((((..................)))))))).))))))))))).))).))).)))))))))))).)))))).))))))).))...))))))))..)))))))))))))))..))).)))))...... (-72.2)