mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTTGGAACGGAGGGAGTATC TACTCCCTCCATCTTAAAATA TCAGGTAAGTACTACTCCCTCCATCTTAAAATAAATGCCGTTGATCTAGTACAAAATTTATACTAATTTAGTATTGAATTTGTGACACTTATTTTGGAACGGAGGGAGTATCATATGTTAC AATCAAGTAATCCAGTGTGCAATACTCGATAATATTCCACCATCGTCAGGTAAGTACTACTCCCTCCATCTTAAAATAAATGCCGTTGATCTAGTACAAAATTTATACTAATTTAGTATTGAATTTGTGACACTTATTTTGGAACGGAGGGAGTATCATATGTTACATAAACCCAGGACAGTTAACGGTTTTTGCTGCTAAACGCAAAAACCGCATGATAAACAACTTGGTCTGCCACACAGTTCATTCAGGACAGCCAATCGAGCCATCTCAGATACCCCAAAAGTACCAGCCCTCAGAACCGTAGTACATGATGGACCTCCTAGTTTTACCACTCAAGAACTGCAGTGACATACATGCATGGAGAAACAGAACACTTTAGGATTGCCGATTTGTTGCCGAGTGAACGGAGCACTAACTGATGGAAGGCAAGGCAGGTGGGCTGAAGCCAAGGCCATAATCGCCACCGTAGGAACCAGGTTCAACATGCCTTACTTGGCCATGCTGACGGATATGGCGAAGGAGCCTGGCCAGGAACTCATTGTTGCAAATCGTAGAACTATCGCACACAAGTGCGACATGCCTCCGTGCCCTGGTAATGGCCACGTTCATGCGCCTGTTATCGCCAAGGAACCCTACCGCTCCCAAGGAGTTTGACCGAACCATCGATATGACCACCGCATCTGCCTCCCTTCCCTGGAAGCTATCTATGGTTGACACCTCAACACCCAAAGCCTCTGGATATTCTTCTAGTCTATCTCTTAAAAGTTGT 5 0 3' arm Hordeum_vulgare mirnest MIR1122 1e-16 osa-MIR1862d 0.000006 -29.2 ............((((((((((...(((((((((.((............((((((.((.((((((...)))))).)).)))))).)).)))))))))...))))))))))........... (-29.2)