mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTATTTTGGGACGGAGGGAGT TCCCTCCGTCTTAAAATAATT ATTAGNATGGTCATGTACATATTACATGGTACTCCCTCCGTCTTAAAATAATTGTCTCAACTTTGTACTAGCTTTAGTATAAAATTGTACTAAGGTTAAGACACTTATTTTGGGACGGAGGGAGTACATATAAGGCTCAACCAGNATTAATTTA TTCAATAGCAGNNTCAAATTAGNATGGTCATGTACATATTACATGGTACTCCCTCCGTCTTAAAATAATTGTCTCAACTTTGTACTAGCTTTAGTATAAAATTGTACTAAGGTTAAGACACTTATTTTGGGACGGAGGGAGTACATATAAGGCTCAACCAGNATTAATTTAGGGGAGGGGGGAGAGGACTGTACAATTTCTGACAAAATTGGAGATGAACATATCTCCTGATCACAAACTCACCCTGACGTCCGTCAGAAAGATGAAAACCTCAATGCTGGTAAGGCCTCAAAGTTTCTCTAGTTCACGTTCCATCGAAGCGAAGTCAAAACCTTCCCAATCAAGTCCTACATCCAACTCAAACATTGGCAACGGTAGATGGCTGATGTCTGCCAGCCCGATGTAGTCGTCGCCAGGCGGTTTGCCTGTTGTGTCAACGAAGTCATTGACATGAAACATATCTGCCAGCCTTGAAATATCATCCAGTGAGAGTTTGTCAGTTGTGCAAACATAGTCACTGATAGGAAGCTCATTTATCTGGCTGTGGAATGCATCCACTGGAATTTCTTCATCGCTAGGTGTCGATGAGCAGTGCACTAAGCTTTCATCAACATTCATCCGGCCAAGGAATGCATCTACCTCAATTTCTTTACCTGGCAGTTCTGGTGAGCAATGCAGTAAGCTCTCATCAGCAGTGTCAGGGTCTATCTCCATTGGCGCTACCTTG 0 0 3' arm Hordeum_vulgare mirnest MIR1122 3e-30 osa-MIR1862c 0.000008 -56.7 ...........((((((.....))))))(((((((((((((((((((((((.(((((...........(((((((((((((....)))))))))))))))))).)))))))))))))))))))))))......((.....))............ (-56.7)