mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTATTTTGGGACGGAGGGAGT TCCCTCCGTTCAAAAATAAGT CGCTTAAAGATCAAATTCGTCGTTCATGGAGCAAAATACCACTCCCTCCGTTCAAAAATAAGTGACTCAATTTTGTACTAAAGTTAGTGCAAACTTGAGTCTTTTTGAGTCACTTATTTTGGGACGGAGGGAGTACATCTCATAGTTTGATAAGTAGCGTAAAAAATGATTTG CAGCTGTGATTAACCAAAAAAAAATTAGTCCGCTCATTGTCTTATTTTTTGGGGCTTGTTTAGAGTGCAATTTGACAGAATTCGTCCAAGGGTAATAACATGCCATCGCGATTGTGGCCGGTGGTTACAAATACGCTTAAAGATCAAATTCGTCGTTCATGGAGCAAAATACCACTCCCTCCGTTCAAAAATAAGTGACTCAATTTTGTACTAAAGTTAGTGCAAACTTGAGTCTTTTTGAGTCACTTATTTTGGGACGGAGGGAGTACATCTCATAGTTTGATAAGTAGCGTAAAAAATGATTTGGTTGCAGCGCGCAACTTAGATTCCTTGGTTTATTTTTTTAATTGTCTCCCTGGGTGGTTTGCTGTTGATTTCAGGGTCAGTGTTGGCAATGCAACACATGAGAGGGAGCGAAGCGCATGAGAGCGTGAGTTTGCCCATGTTCATCACTGTGGGTGAAAGCTGCTAGCACTGCATGTCGACGGTGTTCACCTGCGTGGCAACGTCTGACCAAGCGTGTTCCTAGGAGGCCGTGCCCAAACCTTAAGATGCCAACTGGTGTGAAAAATTCCGGAATACGGGTATCTAATTGTGGCACCCGGTGAAGATCGGAATACATTGGCATTTAAGAGCATTCTTCCAGGATTATCGGCCATCGCCCAAAAAAAATGCCTTATGTCTCGCTGCGGTTTTGAGGTTGGGTGTATGGA 1 0 3' arm Hordeum_vulgare mirnest MIR1122 2e-28 tae-MIR1137 0.000000002 -56.8 .((((...(((.......))).......))))........(((((((((((((.((((((((((((((((.(((((((((....)))))))))...........)))))))))))))))).))))))))))))).....((((..((((..........))))..)))).... (-56.8)