mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CTCTGTAAACTAATATAAGAG CTTATATTAGTTTACGGAGGG TCTTTTTTTAACAAATACTCCCTCTGTAAACTAATATAAGAGTGTTTAGATTACTAAAATAGTGTTCTAAATGCTCTTATATTAGTTTACGGAGGGAGTACTTTAGCACGTTAG CTTATACATTACTNCCCTNCCGTAAAGAAATATAAGAGTGTTTAGATNACTTCAGAGGGAGTACTATAGTAGATGAACTTCGGTACATAGAGTAAGTTCGACACACAAGATCTATCAGAGCACACTTTTGGACAGCACCCCCAGAATGAGATACTGCATGCAAAATTGTGATAATAAGTCAAAGGAACTTTCACAAGGGCTTGTGATATTTGGCGCTAGAAAACTATGAAGCAGCCTTTACCCAAGAACTGATTTCTTTTTTTAACAAATACTCCCTCTGTAAACTAATATAAGAGTGTTTAGATTACTAAAATAGTGTTCTAAATGCTCTTATATTAGTTTACGGAGGGAGTACTTTAGCACGTTAGGAGGGCAAAAATAATAATATCAAATAGCCATTTTCACTGATCCATGGCGTGGTATCAGGTTGACTACACAGCAGATGCAAGTGACTTCAAGAGAGCTGGTGATGGTCTTCTTAATGTGTGGGTGAGAAGTATCATCAGTGACAGTAGTGTCAATGCCCCAGCTTGGTGAGCTGAACCTAATGAGGTAGGAACATACATCAAAAGTGTAGATATTCCCAATGTAACC 0 0 5' arm Hordeum_vulgare_subsp._spontaneum mirnest MIR1122 4e-35 tae-MIR1121 3e-20 -53.3 ...............(((((((((((((((((((((((((((((((((((.(((((...))))).))))))))))))))))))))))))))))))))))).............. (-53.3)