mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGTACTCCCTCCGTTCCTTAA TAGGAACGGAGGGAGCAGTTT TTAAGAGTATATGCATTGCTATGTACTCCCTCCGTTCCTTAACATACCTGGGTTCATATCTGGGTTCCTTAACATATCTGGGATCGATCGTATGCATATACTCTTATATATTCGAAAGATACCTGGGTTCTTTCATATATGTATATGCATATACTCGTATATTTAGGAACGGAGGGAGCAGTTTGTACATAATA AGGTCCTACATACAAACGAGCAACAATACTCGTCAATGAGCAAAGTAGCCCATAGTACAATCAAGAGTCGCTGACTTGGCAAGCAATAACTAATTGGGTGGTGCAAATTCTTTCCCGAGTTTTCAATTGTGTACGAAACGAGTATTACTACTACAAAGCTATCATACATTACACTTCTGATGAAAACATAAATCATGGAACGTAGGATTTTTCATAGGGCCGCCATCACCACATGATCATAAGTCGAGCATTCACATGATCACATCTACAGGGCAGCATTCGCATGATTGCATCTACAGGGCAGCAGGCCTTGGAGCTGGCATAATTCAGTCTGCAATTGAAAACACCTACCACACCTTCTATTGCACAAGGATGTTAAGAGTTGTAAAGTTAAAAAAAAAATGCATAAGAGTCCAAATATGAAGAAGTCCTACAAACTGGTTACAAGCTAAGATGCTACCACATGATTACTGTAAACTCAGAACATCAACTGCCAAACATGCTGACCTCTATAAACCATACAAAACCCTAAGATACAGTACTAAAAATTGACTTCGTCAACACATTAAGAGTATATGCATTGCTATGTACTCCCTCCGTTCCTTAACATACCTGGGTTCATATCTGGGTTCCTTAACATATCTGGGATCGATCGTATGCATATACTCTTATATATTCGAAAGATACCTGGGTTCTTTCATATATGTATATGCATATACTCGTATATTTAGGAACGGAGGGAGCAGTTTGTACATAATA 5 0 5' arm Hordeum_vulgare_subsp._spontaneum mirnest MIR1122 0.0007 100 -58.8 .......(((.((((..(((.....((((((((((((((.((.((((((((((....))))))))((((..........)))).(((..((((((((((((...(((((....((((((.........))))))))))).))))))))))))..))).)).)).)))))))))))))).))).)))).)))... (-58.8)