mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AGATCATGTGGCAGCTTCACC TGAAGCTGCCAGCATGATCTTA AACACTATCAGTTGAAGCTGCCAGCATGATCTTAACCTTCCTCCATAGTTGAGGAAAGATCAGATCATGTGGCAGCTTCACCCGTTGTGGT ATAACAAGCAAGAAAAGAACTACTAGTGAAATTTATAGCTATACATGTAGCTAGCTTGGGCTCTCTCAATAATAATCTACGACGAGACTGCCCATCTTCTTATCGTGTAACACTATCAGTTGAAGCTGCCAGCATGATCTTAACCTTCCTCCATAGTTGAGGAAAGATCAGATCATGTGGCAGCTTCACCCGTTGTGGTAGCACGAGAAACCCTAGTTTCACTCGAAACCCTTTTCTTTAAATGCTTAAATGGGCTGTTAGGGTTTTCTTTGTTCAATCCCTAGAAAAGGAGGGTTTTCAGTGACGGGGTTTTTGCGTCTCGGTGCAGTTCAACGATTTCTAGATCTTCCCTGGCATTTTTGGTGATTGAGCCTTGACATTCCTTAATCTGCCGTACTGCTTTTTG 2 1 3' arm Jatropha_curcas mirnest MIR167_1 4e-28 ptc-MIR167g 9e-26 -35.6 ..(((.......(((((((((((.((((((((.....((((((.......)))))).....)))))))))))))))))))......))).. (-35.6)