mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCATCATCATCATCTTCTTCT AGGAGGGTATGGTGGAAGAAG GATGCTGAAACTGGCTACATGTCATCATCATCATCTTCTTCTTCAAGACCTTGTTTCTCCAGTGGGGCTGCAGCGGCGGCAGCTGACGTGGGTGGATCCTGTGCTGCGGCAAAAAGGGTTACCGGAAAGTCATGGAGAAGTGGGTTTGGAGGGTATCGCAGGGAGGAGGGTATGGTGGAAGAAGATGAAGCCGAGTCGAGGG AGCGACAATGGCTTCTCTTAATTGCTTTTGTCTGAGCTTCTGATCAAACACCATGATGCTGAAACTGGCTACATGTCATCATCATCATCTTCTTCTTCAAGACCTTGTTTCTCCAGTGGGGCTGCAGCGGCGGCAGCTGACGTGGGTGGATCCTGTGCTGCGGCAAAAAGGGTTACCGGAAAGTCATGGAGAAGTGGGTTTGGAGGGTATCGCAGGGAGGAGGGTATGGTGGAAGAAGATGAAGCCGAGTCGAGGGTTTCTGTTGAATTTGTTTGATTATGGCAAACTTTTATCAATATTATGGAAGTGATGCTATTATTACTTGTACATGATGCAATTTAATATATATGCAATAGTTTAGTAGTTTTCACACTTTATTTATTATTGCTAGGATCAATTTTGAGTGTTTATCATCAATCAAGTAAAAACTAATGGTAAACGATAGAATCTTCAAACATTGCTATATATCTCCAACTAAGATGGCAGATAACATCATGGCGACAGTTTTTTACCTGGCTCAAATACAGTAAAAAAAATAAGGGGATTCGTTGGGTC 1 2 5' arm Lactuca_perennis mirnest mir-598 0.00005 100 -65.2 .....(((...(((((.(((.((.(((((((.(((((((((((..((((((..((((((((((...(((((....))))).)).(((.(((...((((((.(((....)))...)))))).)))....))).)))))))).)))))).((.....))...))))))))))))))))))..))..))).)))))..))).... (-65.2)