mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCATGTTCATCATCATCGTCT TGATGATGATGATGATGATG CAACTTCCATTTCTCAATTTCAACTTATTCTACTTCTACATCATGTTCATCATCATCGTCTTCCTTTAGTTTCTTTAGCTTTAGACCCTTCAATAAGCGGTTTCATTTCATTAACCCACCTCGTTCTTCCCTCAAACAAACCAAAAAACAGCAACGAACCCTTCAAACTAATGCCCCACCACCACAAAGCAGCATCAGAAGACTCTTGAACTTGAACGATAATCCTAAAGACGATGGTGGTGGCGGAAATGATGATGATGATGATGATGATGATCAGAACGAGACTGCGATTAAGGGGACAATTTT GCCTACAACCGTATAAAATGAGAGGAAAGCGCTCATCTTCTTTGTTCTTCTTATCTTGAAGAATCCACTGTTTATCGAACTCTAAACAGAAATCATCCACTTAGAATGCGCATCCTTTCGAGGCCACCGTGCCTCTCATCATATTCTGCTCCTTCTCGATCTCAATCACTCGCCAGACACAACTTCCATTTCTCAATTTCAACTTATTCTACTTCTACATCATGTTCATCATCATCGTCTTCCTTTAGTTTCTTTAGCTTTAGACCCTTCAATAAGCGGTTTCATTTCATTAACCCACCTCGTTCTTCCCTCAAACAAACCAAAAAACAGCAACGAACCCTTCAAACTAATGCCCCACCACCACAAAGCAGCATCAGAAGACTCTTGAACTTGAACGATAATCCTAAAGACGATGGTGGTGGCGGAAATGATGATGATGATGATGATGATGATCAGAACGAGACTGCGATTAAGGGGACAATTTTAGCTGGTTTGTTGCTGGTGGGTGTTGTTGGTGGGTTTGGTACTGTTGGGTACATCTATAGAGACCAGATCAATGCTTTTCTGATTCAGTTTTCTAGCTTCATTGAAGGATATGGCCCTGCTGGATATGCACTTTTTGTTGCAGTTTATGCTGGCTTGGAGGTACTTGCAATCCCCGCGATCCCACTGACAATGTCAGCGGGTCTTCTTTTTGGGTCATATACAGGCACAATTCTTGTCTCCATAAGTGGAACTGTGGCTGCAAGTGTTGCATTTCTAATTGCTAGATATTTTGCTCGTGATCGGATACTTAAAATGGTTGAAGGCAATAAAAAATTCCTTGCAATCGATAAAGCAATTGGAGAAAATGGTTTTAGAGTTGTCACACTTCTTCGTTTGAGCCCTTTGCTCCCGTTTTCTCTTGGAAATTACTTATATGGCCTTACATCAGTCAAGTTTTGTCCCATATGTTTTG 3 0 5' arm Lactuca_sativa mirnest 100 100 -51.8 .....(((....((.((((.((.(((.((((...((..((((((..(((((((((((((.((((...((((.....))))..((((((((....))).)))))((((.............(((((((......................)).)))))............))))..(((((((((.....(((..((((.......))))..)))....................))))))))).)))))))))))))))))..))))))..))..)))).)))..)).)))).)).)))....... (-51.8)