mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TATTATGGAACGGAGGGAGTA CTTCCTCCGTCCCATTGTA CTTAATGGGCATGTAATATGTACTTCCTCCGTCCCATTGTAATAACGTCATAATATTATATTATGGAACGGAGGGAGTAATATTATATATGTACCTAA GCATTTTTNNNTTTTTTTTTTCGACTGTTGTAATAGATACCAAATCACTTTATTTATCTCAGGGCATGTGTTGCAAGTGTACACCAAATTAGCCACTTAATGGGCATGTAATATGTACTTCCTCCGTCCCATTGTAATAACGTCATAATATTATATTATGGAACGGAGGGAGTAATATTATATATGTACCTAAAGTAAATTATGCGACCAATTTATTGTGTAGTGCATGGTCGCCCTTCCCGCGCGCTCGCGAAGACTCAGACGCTGTCCTTCACCTGGCTGCTGTAACTGTTCTGCACGTCGTTGTAGCGGTCCCACACCATGATCCCACCGTAGTTGCTGGCGCCCTTCACGCCGGGGAGCACAGCCGACGTCAGGTCGCCAGGCGGCACGTACCCGCTCCCGGCCGCGGCCGTCGAGGCCGGCACGCCGAGGTAGAAGCCCCCGGACACCTTCACGCTGCTCGTCCACGTGTTCCACGCGCTCTGCAGGTTGCTCGCGTCCCCGCTCGCGTACTGGCACGGCGGGTTGTTGTAGAACTGCACCCACACGTTGTCGAACAGCCCCGTCTGCAGCGCCGGCCCCAGCGACGCGTCCGGGTACGGGCACTGCGGCGCCGCCGTCAGGTACACCTTCCTGCCCTGCGCGCTGTACTGGGACAGGAACGTGGCCAGCTCGTC 1 2 3' arm Leymus_cinereus_x_Leymus_triticoides mirnest MIR806 0.00002 osa-MIR819i 0.00007 -31.3 .....((((.(((((((((.((((((((((((.(((((((((((.........)))))))..)))).))))))))))))))))))))).....)))). (-31.3)