mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ACTCCCTCCGTCCGAAAATAC ATTTCCGGACGGAGGGAGTAC TATATTGTAGTTACTACTCCCTCCGTCCGAAAATACTTGTCGGAGAAATGGATAAAAATGGATGTATCTAGAACTAAAATACATCTAGATACATCCATTCCTCCGACAAGTATTTCCGGACGGAGGGAGTACTTAGTAAGCCCT CCGTTGCTGTCGGCACACTGAGGTGTATTTCAGAGTCTACAAGTTACAGGAAAAGTACATGGTACTAATGTGCTCTGATCTAAGAAGGTCTTCCATGAGACCAGGACTGGAGAAACCAGCCTATGGAGGCTTCTTTGAATTTGATCTTGCAAAGGAAAGGAAGATATCCCTCAGAACTCTGATTGATCGGTCGGCGGTGGAGAGCTTCGGCGGCGGGGGTAGGGTTTGCATCACGTCTAGAGTTTATCCGGCGGTGCTCGCCGACGTCGGCAGGGCCCACATGTATGCCTTCAACAATGGAAGTGCCACGGTCAGGGTGCCACAGCTCAGCGCATGGACCATGAGGAAGGCACAAGTGAATGTGGAGAATGGTTGGAGTGCTATTTAAAACAGAGGAGTAATTTGATTTCACTGCCTGGCAGAAATAAGGACATTCAACAGGAAAAAATAGCCTATCATTTCTTTGATCTCTAGTATTCATATATTGTAGTTACTACTCCCTCCGTCCGAAAATACTTGTCGGAGAAATGGATAAAAATGGATGTATCTAGAACTAAAATACATCTAGATACATCCATTCCTCCGACAAGTATTTCCGGACGGAGGGAGTACTTAGTAAGCCCTTCCCATCTCAGTTGTATCAATTTTTATAGAAACGCACACTAGTCATAAAATTCACGGGATGAGTACTTTAGTCACACATAAGAATCTCTTGAAATGTTTTAAAGTGGTTACAAGTCTCTGTGAGCAAACATGTCAAAAAAAAAAAAAAAAAATGC 1 0 5' arm Leymus_cinereus_x_Leymus_triticoides mirnest MIR1122 2e-52 tae-MIR1128 1e-25 -68.7 ..........(((((((((((((((((((.(((((((((((((((...........((((((((((((((((...........)))))))))))))))).))))))))))))))).))))))))))))))....)))))..... (-68.7)