mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CTACTCCCTCCGTTCCTAAAT TTAGAAACGGAGGGAGTAGAT GTAGATAGTTGCTACTCCCTCCGTTCCTAAATATAAGTCTTTTTAGAGATTCCAATATGAACCACATACGGAGCAAAATGACTGATTCAACACTTTAAAATACGTCTATATACATCCATATGTAGTCCGTATTGTGAAATCTCTAAAAGGACTTATATTTAGAAACGGAGGGAGTAGATAACAGCTT TGTTGCCAACCATCGATTAAACTATCAGATCCGTGGACAAGGTAGACATTTTCTGAGAGGTTTTCAAAAACTTATACCAAAGGAATGGATTGATATGTTCAATGAACATGAAATTCAGCTTCTCATATCTGGCTCTCTGGAAAGTTTGGACATTGATGACTTGCGCTTAAACACCAACTATTCTGGAGGTTATCATCCGGACCATGAGATTATCGATATGTTGTGGGAGGTTTTAAAGAGCTTCAGTTCAGATAATCAGAAAAAGTTTCTCAAGTTTGTGACTGGATGTTCTCGCGGGCCACTCCTTGGATTTGAGTACCTTGATCCTAAATTCTGCATTCAAAGAGCTGGTGTCCCCGGCTTGGAGGAGCATGGAGACCGTTTGCCCACCTCGGCTACTTGCATGAACCTTCTGAAGCTCCCTCCTTACAGAACGAAGGAGCAGTTGCAAACCAAACTGTTGTATGCAATAAACTCGGAAGCCGGTTTCGATCTGAGCTAATTGCATTGTGGATTCGGACATTGTGCAGTGTAGATAGTTGCTACTCCCTCCGTTCCTAAATATAAGTCTTTTTAGAGATTCCAATATGAACCACATACGGAGCAAAATGACTGATTCAACACTTTAAAATACGTCTATATACATCCATATGTAGTCCGTATTGTGAAATCTCTAAAAGGACTTATATTTAGAAACGGAGGGAGTAGATAACAGCTTAAAAGGCAACCAAGACCGAAGTACCGACGATTTGGGCCCTATTTGAAGCCCAACAAACAAAGGGC 1 0 5' arm Leymus_cinereus_x_Leymus_triticoides mirnest MIR1122 1e-48 tae-MIR1126 8e-31 -74.4 .......((((((((((((((((((.(((((((((((((((((((((((((((((((((.((.(((((.(((.......(((..(((...........)))..)))........))).))))).)).))))))).).))))))))))))))))))))))))).)))))))))))))).))))..... (-74.4)