mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGAACCGCTGCGTCCAGCGAC GCTGGATGCAGAGGTTTATC AAAGAGAGAGAGAGAGGCGAGATGAGCGCTGGATGCAGAGGTTTATCGACCGATTCTTGTTTTGTGTTCTTCCACAGCCAAATTCAGGAAGAGATCGATGAACCGCTGCGTCCAGCGACTTTGTCGCCTCTCTTAAATTAAAA AGTGATTAAACATAAGAGTAAGAACAGTGAAGATAGAGTAATAAAAAGGAAAGAAAATAAAAGGAAACACCAAAATATTCCTCAAGACAAAAAAAAATTGGTGAAGAAAAGAGGCGTGTCAGGTCACCACCTTGGGTTAGGACATGCTCTCAAGATCATAGTTCGCTTACAAAGTACCTACAGATCGTCTACCAAGTACCAACGCACTCCATATGAGCATGAGGCAACGTCGCAACGAGAATCGAATACACAACATTTTTAAGGGAATTGGTCCGTCCTTATCGAAATATTCCTAAAGACTTTTTTATCCCCCTTATCCCAAATCGGGAAATTGACAGCACCTGCAACACTAGAGGCATTCTCATTCTATTGGAAGGTGAATTCATTCACTAAGCCTCACCAGCAATACGCATCATAGAAATGGATGGAAAATAATTACTAAATCGCAATTCACAAGTAAGCCACAACAACCAGATGCATCTAGATCAGCTTTATCGAAAACCAGAGAATTAATCTATATATGAAAACAAGAGGAATTAAACATGAAACCATCAAAAGAGAGAGAGAGAGGCGAGATGAGCGCTGGATGCAGAGGTTTATCGACCGATTCTTGTTTTGTGTTCTTCCACAGCCAAATTCAGGAAGAGATCGATGAACCGCTGCGTCCAGCGACTTTGTCGCCTCTCTTAAATTAAAATAATCGAAAACCACAACCCGAAATAGATTATCACAGAAAAATGTAAGAAACAGAAAGCTATAAACAGCAAAGACGAATCGATGATGCGGAAAACACAGATCTGAACAGAAACAGAAAGTGTAATGGCAGTTACTTCTCTTCCGTCACAAAATTCACAATCCACGCACGCACACAACATTGATCTGAAAATAGTACAATAGCGAAAAAGAAGATCTGATGAGAGAAAGAGAGAGAGAGTAT 2 0 3' arm Lotus_japonicus mirnest MIR162_2 1e-16 cpa-MIR162a 3e-20 -64.7 .........(((((((((((...(((((((((((((((.((((((((((....((((((.((((.(((.......)))))))..))))))....)))))))))).)))))))))))).)))..)))))))))))......... (-64.7)