mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ATGCACTGCCTCTTCCCTGGC AGGAAAGAGGCAGAGCATGG AAGACAATGGCAGGAAAGAGGCAGAGCATGGATGGAGCTATCAACAAAATAAATTGAGAATGGGAGATGTTTGTTGTGGCTCTACTCATGCACTGCCTCTTCCCTGGCCACGTCTC TAGAAAAGTCAGTTTTTGAACTAGAAAAGAGTGGAGGAAACCTTATTAGATGGAATTTTTTTACAGATATAATCATTTTATGCATTTAGTATCTGCTTAATGTTATTTTGCTGATGTTGACAGGGATGAGCTAAGTTAATCTTGATGGAGAGACAAGACAATGGCAGGAAAGAGGCAGAGCATGGATGGAGCTATCAACAAAATAAATTGAGAATGGGAGATGTTTGTTGTGGCTCTACTCATGCACTGCCTCTTCCCTGGCCACGTCTCAGTCTCCATTTCTCATGAGAGCATGTTAGGATACACAGTAGAAAAAATACGGTAAGCTAAAATTACAGTGGATAGAAGCAAATCGCCTTAGTTTTTATGGTTGTCTGATTTCGGTTTCACCATCCGTGTACTCAAACATGGTTGTCTTATTTCTTCAACTTATGTTTTATACAGCAATTTGTAGATTGAACATCTTATTTCTTAATTCCATATTTGATTCAATGCAACCAAACTAGTAAGGAGAGTTTATTTGGTTGAATTTTAAGGTCATAAGGATTCTCATACATGCATTCTATTCAGGACATGATGCCGGGCTTGCCACACTTCAATAAGCAGTTCAGAACCACATCAACTGG 2 1 3' arm Lotus_japonicus mirnest MIR408 8e-58 ptc-MIR408 0.0000000004 -53.8 .((((..(((((((.(((((((((.((((((.((((((((.(((((((....(((..........))).))))))))))))))).)))))).))))))))).))).)))).)))). (-53.8)