mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GGCAGAGCATGGATGGAGCTA GCTCTACTCATGCACTGCCTC ACAAGACAATGGCAGGAAAGAGGCAGAGCATGGATGGAGCTATCAACAAAATAAATTGAGAATGGGAGATGTTTGTTGTGGCTCTACTCATGCACTGCCTCTTCCCTGGCCACGTCTCA TAGAAAAGTCAGTTTTTGAACTAGAAAAGAGTGGAGGAAACCTTATTAGATGGAATTTTTTTACAGATATAATCATTTTATGCATTTAGTATCTGCTTAATGTTATTTTGCTGATGTTGACAGGGATGAGCTAAGTTAATCTTGATGGAGAGACAAGACAATGGCAGGAAAGAGGCAGAGCATGGATGGAGCTATCAACAAAATAAATTGAGAATGGGAGATGTTTGTTGTGGCTCTACTCATGCACTGCCTCTTCCCTGGCCACGTCTCAGTCTCCATTTCTCATGAGAGCATGTTAGGATACACAGTAGAAAAAATACGGTAAGCTAAAATTACAGTGGATAGAAGCAAATCGCCTTAGTTTTTATGGTTGTCTGATTTCGGTTTCACCATCCGTGTACTCAAACATGGTTGTCTTATTTCTTCAACTTATGTTTTATACAGCAATTTGTAGATTGAACATCTTATTTCTTAATTCCATATTTGATTCAATGCAACCAAACTAGTAAGGAGAGTTTATTTGGTTGAATTTTAAGGTCATAAGGATTCTCATACATGCATTCTATTCAGGACATGATGCCGGGCTTGCCACACTTCAATAAGCAGTTCAGAACCACATCAACTGG 2 0 5' arm Lotus_japonicus mirnest MIR408 1e-59 ptc-MIR408 0.0000000004 -53.8 ...((((..(((((((.(((((((((.((((((.((((((((.(((((((....(((..........))).))))))))))))))).)))))).))))))))).))).)))).)))).. (-53.8)