mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTACTCCCTCCGTTCCAATTT GTTGGAACTTGAGGAGGGTGTTC TAGAGCTTCGAAGTTGGAACTTGAGGAGGGTGTTCAGTGAATGTTGAACATTTTTCTACTGGCATATCATGTGTGGGAATATAAAACAATTTTGTAATAAACAGGAATCTACCCATGGGAATTTCTTTATTATGTCCGTGTTTTTGTTTTTTATATGTTGTTTCCAATCTATCTATTACTCCCTCCGTTCCAATTTGTTTGTTGT GAGACCAAAACATCATCTCCACCGAGTAACCACGAAACTTTCAAGTGCATTCTCTGCTCTTGTGCTTCTCATGCTGCTTGTCTCAGCTTCAGAGGCTGCAATTTCATGCAGTGATGTGATTAAGGACTTGAAACCTTGTGTTAGTTACTTGGTGAGTGGGAGTGGGAAGCCACCAGTTGCTTGTTGCTCTGGAGCTAAAGCTCTTGCCTCTGCTGTATCAACCTCAGAGGATAAGAAAGCTGCTTGTAACAGCATCAAGTCCACTGCCAAAAGTATCAAAATGAACTCACAATTGGCTGAGGCTCTTCCTGGAAACTGTGGAATAAATACGCCCATCAGTGTCTCCCCTGATGCAGACTACTCCAAGGTTGGTTAGAGCTTCGAAGTTGGAACTTGAGGAGGGTGTTCAGTGAATGTTGAACATTTTTCTACTGGCATATCATGTGTGGGAATATAAAACAATTTTGTAATAAACAGGAATCTACCCATGGGAATTTCTTTATTATGTCCGTGTTTTTGTTTTTTATATGTTGTTTCCAATCTATCTATTACTCCCTCCGTTCCAATTTGTTTGTTGTTTTAGCTTTTGCTAGAAATTTCAAAATGGTTGTTGTTTATATATTCAATGCATTTTTTTCCATTTTCTTCCAAAAAA 4 2 3' arm Lotus_japonicus mirnest 100 100 -43.4 ...(((....((((((((((..((((.(((((...((.((.((..((..((.(((((((..((((...))))))))))).))..((((((..(((((.(((((((((......((((((...............))))))))))))))).))))).)))))))))).))...))..))))))))).))))))))))....))).. (-43.4)