mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TAAAAGGGAGGTGTGGAGTAG ACTTCATACCTTCCTTTTGTA TCAATGGTGTTGTTCCTACACTTTATTTTCTATACTCTTACTTCATACCTTCCTTTTGTAGGAAAATGAAAAGGGAAATAAATTCCTCTTTCTTTTTTAAATAAAAGGGAGGTGTGGAGTAGAAGTGTGAAAAATAAAAAATACAAGAATAACATGAT AAAGTGTTTCATACATGGCCAAACTAACAGATGGTCTATCTCAAAGGAGTGAGCCTGAGAACACAAGCTGAATTGGTTTGAATTGCCATATCACATACTGATATCTGGTATAGGCTTTATGTTGCTAATTTATTTTGTGTTCTCAGGTCACCCCTTTGAGCTGACCTGTTGAACTATGGTTTTACATTTGCAATTGTAATGGTGTTACGGAGATTATGTGTAAATGCACATTCAAACTTGCAATTTAACATAACATATCCAAAATGAACCCTCTTCTGTTGTTATGTTTTCAGATTTCAAAACATGTTGCAGGTTGCTCTGTGCTCCTTCTGAAGCAGAATTTTCATACCAAACCATGCTTGCCAAGCTTGTGGAAGGTCTTGGAATATCAATGGTGTTGTTCCTACACTTTATTTTCTATACTCTTACTTCATACCTTCCTTTTGTAGGAAAATGAAAAGGGAAATAAATTCCTCTTTCTTTTTTAAATAAAAGGGAGGTGTGGAGTAGAAGTGTGAAAAATAAAAAATACAAGAATAACATGATTG 0 0 3' arm Lotus_japonicus mirnest 100 100 -57.6 ......(((((((((......((((((((.((((((.((((((((((((((((((((((..(((((.((((.(((((.....))))).)))).)))))..)))))))))))))))))))))).)))))).))))))))........)))))))))... (-57.6)