mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ATCTAACGACTCTCAGTTATC TAGCTAAGAATCGTTAGATGA ACGTGAAGTTGATAGCTAAGAATCGTTAGATGAAAATTTAGTCCAATCAATCAAATTATCTAACGACTCTCAGTTATCAATTTCACA AGGATTCACACATACATACTTCTTCAAATAAAAATGGCTCTCTCTAAGCTTCTACTTGCTTCCCTTCTTGCTTCTCTTCTCATCATTCAACTTGTTCATGCCGATCACCAGGCATACCAACAAACGCAGGGTTCTCTTCAGCAGATAGACTGTAGCGGAGCATGTGCTGCAAGGTGTCGGTTATCATCTCGTCCAAACCTCTGCCGCAGAGCCTGTGGAACTTGCTGCCAGCGTTGTAACTGCGTGCCGCCGGGCACCGCCGGCAACCAGGAAGTGTGTCCTTGCTATGCTAGCTTGACCACTCACGGTGGCAGGCGCAAGTGCCCTTAATTCCAACCAATTACTTAAAGGTAAAAACTCAGGTGCAGTTGACTTCACGTGAAGTTGATAGCTAAGAATCGTTAGATGAAAATTTAGTCCAATCAATCAAATTATCTAACGACTCTCAGTTATCAATTTCACATATTTCACGTAAAGTTGACTGTATCTAAGTTTTCACCTTACTTAAATCCATGCATGTGTATATTACTCCATCACCACGCTCTCAATAAACTTATGGAAGAATAATAATTATTTACTCGTTTTTTTTGTTCAATCCTTGTTGAATCAATAAATCATTATTGTGCGAATTTGGTGG 2 0 3' arm Arachis_ipaensis mirnest 100 ahy-MIR3509 5e-21 -34.1 ..(((((((((((((((.(((.(((((((((((......................))))))))))).))).))))))))))))))). (-34.1)