mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GGGCCCATATATCAGTGGCAC GTCATTGACATGTGGGCCATA GACTCTTCTGACTTTGTGCAGTTTATAGTTAGGTCATTGACATGTGGGCCATATCAAAGTAGGGCCCATATATCAGTGGCACAACTGTAGACTGCACAAAGTCAGGGATCT ATTGCACCACAAAACTCGGCGTGTTTCCTCGTGTTCGCGTGTGTTTCCACAGCTTGTTCATCGATCACATAGGGATTCATCTCTAATTTATCCCCAATCTTTTACATTGCTCTCTTAATTAGGCTCTTTCTGTCTATGTACATTGCTCTTATACTATTTTGATACATGCCTTGGCAGGTGATACACACGTACGCTTAGAAATAATTAGATGGGGACTACTGACTAGTCCATCAACCTGTGCAGGAGCACGGAAGAGACTTCTCTGACTTTGTGCGGAAGAGACTCTTCTGACTTTGTGCAGTTTATAGTTAGGTCATTGACATGTGGGCCATATCAAAGTAGGGCCCATATATCAGTGGCACAACTGTAGACTGCACAAAGTCAGGGATCTGTTTTCCAGAAGCGCGGTTAGTAATGTTAAGAGACATAAGCAAAGTTGATAGAAAATATCGGGCCCATATAAATAATAAAAATCATTCTATAATTATTCTACCTATATTCAATCAATATAGTTATCTTAACTTACCTTTTGTAGTTCCTTAAAGCTGTCACCAGCAACTACGGGTCTGCTTCTGTC 4 0 3' arm Oryza_sativa mirnest 100 osa-MIR1847 0.00000009 -60.9 .....(((((((((((((((((((((((((..((((((((.(((((((((.(((....))).))))))))).))))))))..))))))))))))))))))))))))).... (-60.9)