mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ATTCGTCTCGCGATTTACAAC TGTAAATCACGAGACGAATCT AATTTCAAGTACTAAATGAAATTTATTTACAAAACTTTTTACACAGATGGATTGTAAATCACGAGACGAATCTAATGATACTAAGTAATCCATAATTAGCGGATGGTTACTGTAGCAGCACTGTTGCAAATCATGAATTAAATAGTCTCATTAGATTCGTCTCGCGATTTACAACCCATTCATACAAAAAGTTTTATAAATAAATTTCATTTAGTATTTCATAT GCCGTCCAGGAGTTTTTAAAAGGACCAGGAGGTGATTGCTATTTCTATGCTGCTACGGTGTCATCGCCGGCAAAGGCTCTGGTTGGCTTGAGGCCATGTTTAGATGGAACGTAAAATTTTTTTTGCGATGGAATCTTGCTAATTTCAAGTACTAAATGAAATTTATTTACAAAACTTTTTACACAGATGGATTGTAAATCACGAGACGAATCTAATGATACTAAGTAATCCATAATTAGCGGATGGTTACTGTAGCAGCACTGTTGCAAATCATGAATTAAATAGTCTCATTAGATTCGTCTCGCGATTTACAACCCATTCATACAAAAAGTTTTATAAATAAATTTCATTTAGTATTTCATATATGTGTCTAAACATTCAATATGATTTTTTTTTTCTGTGTTTACGGGATTTACGAGTCCTGATCTAAA 2 0 3' arm Panicum_virgatum mirnest 100 osa-MIR2124a 0.0002 -84.4 ......(((((((((((((((((((((((.((((((((((.....(((((.(((((((((.(((((((((((((((((.((((..((((.(((.(((.(((.(((((..(((...))).)))))))).))).))).))))..)))).))))))))))))))))).))))))))).))))).....)))))))))).)))))))))))))))))))))))..... (-84.4)