mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ATTCGTCTCGCGATTTACAAT TGTAAACTACGAGATGAATTT ATAAATCCCGTCTGTAAACTACGAGATGAATTTAATGAGCCTAAGTAATCCATCATTAAAGCATGTTTACTGTGGCACTACTGTAGCAATTTTGTGTCTAATCACGTCCTAATTAGGCACATTAGATTCGTCTCGCGATTTACAATCCATCCGTG GCATGCGTGGCAGACCTCACCGTTCCTCTGCTCGCCGGCCGGCTCGGCCCCGTCCCTTTGCTAGCAACTGTACTAGGTTTGTTTGATTTTTCGGACAGTGTCAAAATCGTATCCCCACCATCGAAATGAATACAGGTTATCCGTAATTTGAAAAGCAAGGTCAAGAAGTAAGATTGCGTCGTCACGTAATTCAGGCCACGAATAAAAAACTGGCCTTGGAACTAGCTAACTAAAGCGTTAGATCTTGTTTAGTTCATTTTGCATTTTTGAAAAGAAATCTTCAACATTTAAAGCATCAAATATAGACTAATCACAAAATTAATTATAAATCCCGTCTGTAAACTACGAGATGAATTTAATGAGCCTAAGTAATCCATCATTAAAGCATGTTTACTGTGGCACTACTGTAGCAATTTTGTGTCTAATCACGTCCTAATTAGGCACATTAGATTCGTCTCGCGATTTACAATCCATCCGTGCAAAAAGTTTTATAAATAGACTTCATTTAGTACTTCAAATTAGTTGTTAGATATAATGTGCATTTGGGCCATTAATATTTAATAAATCTAATAAAACTCTATGGTCCAATATTGCACATTAAGTGGTTTAATTGTGAGCGTGGACATGCATGGCAAATAAACGGACGGGCATGGCCTAATTCTTGTCACTAATTATGGGAGTTATCAACCAAAATTAGTGATGCATGTATTGCTGCATGCTCTGGTGCATGTGGTCACTAATTACGGAGTTACTAACCAAATTAGTGATGCATGCATTGCTGCATGCATGC 5 0 3' arm Panicum_virgatum mirnest 100 osa-MIR442 0.00000003 -35.3 ............((((((...((((((((((((((((.((((((..........((((..(((((.....(((.(((....))).)))....))))).))))..........)))))).))))))))))))))))...))))))........... (-35.3)