mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ATTTGGAACGGAGTGAGTACA TACTCCCTCCGTTTCAAATTA ATTTCAGACATACTAAAAATTACAGATCATCACGATACAATATACTCCCTCCGTTTCAAATTATAAGTCATTCCAAGAATCTTGGAGAGTCAAAATTTTTCAAATTTGACCAAATTTATATAACAAGATAATAATATTTATGATACTAATTAAGTATTATTAAATTCTTTATTAGCTATATTTTTATAGTATATCTATTGATGTCATAAATATTTATATTTCTCTCTATAATTTTGGTCAAATTTTGAAATGGTTTGACTTTCCAAAATTTTTGAAATGACTTATAATTTGGAACGGAGTGAGTACATCACAAGTAACAAGTTACAAACATGTCTGGTGAATCAGC GAAACTAATCCATACCTTATTTCATTGAGATTTCAGACATACTAAAAATTACAGATCATCACGATACAATATACTCCCTCCGTTTCAAATTATAAGTCATTCCAAGAATCTTGGAGAGTCAAAATTTTTCAAATTTGACCAAATTTATATAACAAGATAATAATATTTATGATACTAATTAAGTATTATTAAATTCTTTATTAGCTATATTTTTATAGTATATCTATTGATGTCATAAATATTTATATTTCTCTCTATAATTTTGGTCAAATTTTGAAATGGTTTGACTTTCCAAAATTTTTGAAATGACTTATAATTTGGAACGGAGTGAGTACATCACAAGTAACAAGTTACAAACATGTCTGGTGAATCAGCCACTAATATTGTTCGTTTCTTTGAATTTTTTATGCCTTGTGCACTTGCTTCACAGTTTCAGCTTCATGTCATCATTGTTGCTTGCATCTGGCGCCCAGTTGCTAGTTCTGTGATGAAGATGCATCTGTTACATCTATGGGCTTGCCACGTATAAAGCAAACATCAATCTGAAAATGCTGCCAGGCTGAGATCTACTACCGGATCCTAAAAAAATCAGATAAGA 3 0 3' arm Panicum_virgatum mirnest MIR1122 0.00000000009 tae-MIR1136 0.0003 -106.7 .(((.((.....)).))).......(((.....)))......(((((.((((((((((((((((((((((((.(((((((.(((((((((((((..((((.(((((((((((((.(((((.....(((((..(((((((((((((.((((...(((((((.((((....((.....)).))))..)))))))....)))).)))))))))))))..))))).....))))).))))))))))))).))))...))))))))))))).))))))).)))))))))))))))))))))))).)))))..((((.((..(((.(((...))).))))).))))...... (-106.7)