mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GGAATGTTGTCTGGTTCAAGG TCGGACCAGGCTTCATTCCCC ATGAAGCTACTTGCTTCTGAGTGGAATGTTGTCTGGTTCAAGGTCTTGCTTTGCGATTTGAGGATGATCCATGCTTGCATGTGTAGTTTTTTTTCCTTGGATCTGCAAAATCTCGGACCAGGCTTCATTCCCCTTAGGAATAGCTTCAAAAT TGCCAAGAAATAGAGATGAGAGGATGAGAGGGGTTCGGCCGGGAGAACGAAGGGGGAAAGATATGAAGCTACTTGCTTCTGAGTGGAATGTTGTCTGGTTCAAGGTCTTGCTTTGCGATTTGAGGATGATCCATGCTTGCATGTGTAGTTTTTTTTCCTTGGATCTGCAAAATCTCGGACCAGGCTTCATTCCCCTTAGGAATAGCTTCAAAATAATACCGCCGAAGAGCTATTAGGAGGAGCTGCTAGTACTACATAAACTACTTGTGTTCTTGGTCTTTGATTCTGAAACATTTTGCTGGGAGTGTTAGTGAGTTTCCTGGCTGTTCTTGTAGTACAGTGTGGAGTGCTGAGTGCTGTATTTCCACTCCTAGCTAGCTAGATCTTACTTTTCCACGTACACTGTGCCTTTTTGTTTGTTTGTTTGCTTGCTTGCTTCAGAGATCGAGGTCGAGGAGCAGCAAGATTGGTGTAATGATGGCCTACTTCCTCTTCTCTTTCTTCTCCGTATCTGGCAGGTGATGAAAGTTTTCATCATTACATTTTGATTGGGAGAATCTTCGCTCTCTCTCCTCTCTATAGCGCGTTCTCTGTCTCTTTTCTTCTTTGTATTCATTGTTCTTACTCTCCATCTCTCTGCTATGCCTGCACGGATTGTTGTTACAGTGCTCACATGGTTTTGTAGAGCATGGTATTTACACAAGGCTGGTGTGTGTGTG 3 0 5' arm Panicum_virgatum mirnest mir-166 3e-27 zma-MIR166b 6e-28 -56.2 .((((((((.....(((((((.((((((..(((((((((.((((.((((.....((((((((((..((.((((....)))).)).........)))))))))).)))).)))).)))))))))..)))))).))))))).)))))))).... (-56.2)