mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTGGACTGAAGGGTGCTCCC GAGCTCTCTTCAGTCCACTC CTCTGGAAGAGAGCTCTCTTCAGTCCACTCTGAAATGGCCGTAGGGTTTCATTAGCTGCCGACTCATCCATTCACCTACCAAGATCCATGGACGCGGAATGTCTTGGTAGCTGATTGGATGGCGCGGGAGCTAAAATTAAGCTCTACGCTGTTTGTGGTTGGACTGAAGGGTGCTCCCTTGCTCG GATGAACCATTGCATAACATTGCTCCTCCCAACTGCAAGAAAAGCTTAGCCTCAGAATACAATAAACACACAAGCAGGGGGATAGAATACTCCTATCTCATCTTCCCGGTGGTAGCTTCTCTCATATCAGCCTTTCACCTCCGTTGTTTGTTGTTCTCGTATCGATTTGTATAAGACCTTGAGTTTTTTTTTTCAAAGAATAAGATTTTGAGTTACTGCCCTCTCCTAGTAATGTTTATGTTCACCCTTGCCATGATCTGGATGTTCCCTATATGTTCTCTAGATAGCTAGGGGGTGATACACTGGATCAGAATATGCACATGCTGCATGGCCTTATATTTGCTCTTGTTGTGCTTTGGTGCTGTTCATCTGAGTTGGTTTTTTGAGTTTATGGCTTCTCTGGAAGAGAGCTCTCTTCAGTCCACTCTGAAATGGCCGTAGGGTTTCATTAGCTGCCGACTCATCCATTCACCTACCAAGATCCATGGACGCGGAATGTCTTGGTAGCTGATTGGATGGCGCGGGAGCTAAAATTAAGCTCTACGCTGTTTGTGGTTGGACTGAAGGGTGCTCCCTTGCTCGTGCATGAAATAATCTACCTCGATGCCGATCTTGAGTTACTTTAATCTCTCTTTACTTTTGATAAGCTCTGAGCTC 3 0 3' arm Panicum_virgatum mirnest MIR159 8e-56 zma-MIR319a 2e-68 -82.6 ......(((.((((.((((((((((((.((..(((((((.(((((((((.(((((((.(((..(((((((.(((.((((((((((((........)))...))))))))).))).)))))))..))).)))))..)).))))))))))))))))..)).)))))))))))).)))).)))..... (-82.6)