mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GTACTCCCTCCGTTCCAAATT TTTGGAACGGATGGAGTACCA CTTTGAAAACGGTACTCCCTCCGTTCCAAATTATAAGTCATTCCAAGAATTTTGAAGAGTCAAACTATCTCAAAGTTTGACCAAAATTATAGAGAGAAATATAAAAATTTATGACATCAAATAGGTGCAATATGAAAATATAGCTGACAAGAAATCTAATGATACTTAATTGGTATCATAAATGTTATTATCTTGTCATATAAATTTGGTCAAACTTAAAAAAATTTGACTCTCCAAGATTTTTAGAATGATTTATAATTTGGAACGGATGGAGTACCATAAATTTG ACTCAACCAAACCGTACATGGTTTCCCAAATGGCAAAATGCCAATCTACTTAAAAAGTTACACATCACTTTGAAAACGGTACTCCCTCCGTTCCAAATTATAAGTCATTCCAAGAATTTTGAAGAGTCAAACTATCTCAAAGTTTGACCAAAATTATAGAGAGAAATATAAAAATTTATGACATCAAATAGGTGCAATATGAAAATATAGCTGACAAGAAATCTAATGATACTTAATTGGTATCATAAATGTTATTATCTTGTCATATAAATTTGGTCAAACTTAAAAAAATTTGACTCTCCAAGATTTTTAGAATGATTTATAATTTGGAACGGATGGAGTACCATAAATTTGCAGTTCGCCTATACGCTGTGCACGTCGTACCCCAAGAAGAACCCTTTTGGGTCACGCCCACACGATGGTATGTATCTGTCCCACACAACTAATTCACAGATAGAAGAAACCGAAGCCTATATATGATCGATATACATAAGCTCTGCGGCTGACACGGCGGGCCCTGGCCCTGCAGCTCGATCTAGAGCCGCGCGAGCGTCCGGATGTCGACGGGGTGGACGTCGGAGGCGAGCCTGGCGCTGTATATCCGCTGGCCGACGAGGACGTTGGCCGCCTCCGTCGGGTGGAAGGCGTCCCAGAAGAGGTACTCGTGGCGGTTGGCGCAGGCGTCTGGAACGGGAGGCACGTCACCTGCCCGTTGTTCCTGCCCACCCCGCAGCACCCGGCGTTGGTGACCCTGAGCCCGTGCG 1 0 5' arm Panicum_virgatum mirnest MIR1122 0.00000000007 100 -107.5 ..........((((((((.((((((((((((((((((((((((.((((((((((.(((((((((........(((((((((((((.(((((..((((...((((..((((((((.(((((.(((((((.((((....)))).))...................))))).))))).)))))))).))))..))))....))))).))))))))))))).......))))))))).)))))))))).)))))))))))))))))))))))).))))))))......... (-107.5)