mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CATCTACTCCCTCCGTCCCTA GGGACAGAGGGAGTAGGTCCC TGGTGTGTCATCTACTCCCTCCGTCCCTAAATAACTGTCGCTTTCGCTTTCCAAAAAATAATTTTGATTATTTTTATATAAAAAAATGTTAATATTTTTGACACATAATTAATATCATTAGATAGTTCTTTTAATCTAGTTTTTTAACAAATTTATTTGGAGATACAAATGTTGCATGTTTTTTCTACAAATGGAGTCAAACTTGTGGCACGCACACCAACGGCGACACTTAAAAAGGGACAGAGGGAGTAGGTCCCTAAAC CTGAAAGGATATGTTGAACACAACTTTTTTTTAGAGGAATATGTTGAACACAACTAGTGTCATGGGCCTTGCTTGCATGCAAAAGGCCCATGGGACCATTATGAGACGGCAGGCCCATTCACACGGATGGGCCTTAGCTGGCAATCCATTCGGACTGTTGTCGTGGGAATGAAGGCCCACATCCGAGCTTACTATATACCCAATGAAAAAACAACGGCTCAAAGAAGAACGTCGTCCATGCATGCAAGCTCTAGTAGAAAGTTGAAAAGCAACAAAACTACACAATCATCAAGAAGGAAAAACAAAGAGTAAAGTACACAAGCGGTCCCTAAACTTGTTCTGGTGTGTCATCTACTCCCTCCGTCCCTAAATAACTGTCGCTTTCGCTTTCCAAAAAATAATTTTGATTATTTTTATATAAAAAAATGTTAATATTTTTGACACATAATTAATATCATTAGATAGTTCTTTTAATCTAGTTTTTTAACAAATTTATTTGGAGATACAAATGTTGCATGTTTTTTCTACAAATGGAGTCAAACTTGTGGCACGCACACCAACGGCGACACTTAAAAAGGGACAGAGGGAGTAGGTCCCTAAACTCTTAAAATGCATTTTCATATCGCTAAACTTGGTTCAAGGTGTTACATAGGTCCCTAATCTCTCAAAAATACATTTTTAGTCCATAAACTTGCTCCATGGTGTCATGTAGTTTCCTAAACTTCCAAGATGCTATTTTAATTTAATATAAATGTTGTTTTGCTATTTTAAGTTAATGAAAACTCTTTTACTACTTTAAATCTAAAAAATTGCTATTTTGATTTTTATTGAGAATGAGAACAAATTATTTTTAATAAATTTATATAAAGCGCATGCAAAATATAAATAGTTACTAGCAAATATTCAGGATTAGCATTGATATCTCCTTGTTAAACAAGAAAACTATAATATCCAACGATATC 3 0 5' arm Panicum_virgatum mirnest MIR1122 0.00006 100 -58.4 .........((((((((((((.((((((...(((.(((((((...((((((((((.((....((((....(((((.....))))).((((((.....)))))).....((((....(((((((..........)))))))...)))))))).)).))))))))......(((((((.((((.((((......))))..)))).))))))).))........))))))).)))...)))))).))))))))))))........ (-58.4)