mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GCTCAAAAGGTTCGTCTCGCA AGATGCGAAAACTTTTGGGTGT TTAGGCCCTGTTTAGATGCGAAAACTTTTGGGTGTAAAGTACTGTAGCACGTTCGTTTGTATTTAGTAATTATTATTTTGTCATGGGTTAATTAGGCTCAAAAGGTTCGTCTCGCAAATTATAGAC GAAAGGGGGTGAGAGTGCTGAAAAAGCTGCAAAGGATATGTAATTATTTAGAGACGATGAGAATAATTGCAAATTGCGCTATCACTATCGCCCCAAGCCTTTCGCTGGGGATTATACGCAGCTTGGTTTTACGGAAGACCAATTCAGGGTATTGAGATGGGAGGATACAAAATGGGGAGGCTTAAAAGCAGGCCAGGTCATGATGGAGCCAAAGCCGGTTTTTGCGAGGATTGAAACTGAGACGACAGAGGAAGCTCAAGCAAGTTCAAAGGCTGCAAAAGGTGGGAAGAAGAAATCACCCAGTAAAGGTCTTGTAGAAGCATAAATCACCAGCATTTCCTTGCAAAAAAAAACTGTCACATATTTTTATGTGTAGATGACAGATCACCAGCAATTCTAAAGCTGTCTCAAGAAGTCATGGAATTTTTTTGAGAGAACTGACTAGCAGTTTTGTTATCCCAAGGGTTTCAATTTAATGTAGTACAATTTTTTTTCCTTTTTTGAACGAGAGTCTTGCCGGATTATATGGTATGGCCTAAGTAACTCTGTAACCTTCACCTCATGACGTTTCTTGCACAGGTTAGGCCCTGTTTAGATGCGAAAACTTTTGGGTGTAAAGTACTGTAGCACGTTCGTTTGTATTTAGTAATTATTATTTTGTCATGGGTTAATTAGGCTCAAAAGGTTCGTCTCGCAAATTATAGACAAATTGTGTAATTTATTATTTCGTTTAGCTACATTTAATACTTCATGCATGCATTGAAACATTTGATATGATTGGGAATCTTGTAAAGTTTTGGAATTTTGAAGGCAACTAAACAAGGCATTAGTTTCCTTGTGTTTG 5 1 3' arm Panicum_virgatum mirnest 100 osa-MIR2124a 0.000006 -23.4 .......((((...((.(((((..(((((((((...((((((...(((......))).))))))..((((((....(((.....))).)))))).))))))))).))))).)).......)))).. (-23.4)