mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GTACTCCCTTCGTCTCAAAAT TTTAGAACGGAGGGAGTACGT GCCCCTCGGATGTACTCCCTTCGTCTCAAAATAAATACAACTCTATGACTAAACACACAAATTAATTAGACACGCAAATCAATACATATAAAATTACTAAAATACTTTTTTATTTTTTATAAAAAGAGTGTTTTATCTCTTTTGTAAAAAAACTACGGAAACTTTTATTTATTATAATAGTTGGATCAAAGTAGTATTTTTTTGATAAATTTTAAATTTTAATTGTGCACTTATTTTAGAACGGAGGGAGTACGTCTGAACTG AGCATGCAAATTGCTTTAGAATAAGCACTGAAGCAGGTGTCCGATAGGAAGTAGGGTCGCTACTCGCTAGCAATTGAGTGGCATAATTGGGGAAGGAATATCTTTGCTGTACAAATAAAAGGAATATCTTTGCTGTACAAATAAAAGGCTTGGACCATTTTCAGCGTTATGCAGTCCCTGTCTCGGCAGCAATTGCTTTACTCTGCATTTAGCTAATGTTGACACCGAGTGATGGTGTTTTCCAGTCATTTGCCTTAAGATACTGGTCCTGGGACTTGTTACACTGCCTCAAATTTTGATTTCATCCATCTACGAAGTATCGGTCAGGTGCAGTGCTAGGTCTTTGGCTGTATACATCTACAAGCTGACTCGCGTGCCTTCGTGTCCAGGTTCTGAATCTGGAGGTGATGGACAGGCACTGGAAGATCGTTGGCTGCAGCGCCTACACCGGCGAGGGGCTCCTCGACGTATTCGATTGGCTCGTTCGGGACATCGCCCCTCGGATGTACTCCCTTCGTCTCAAAATAAATACAACTCTATGACTAAACACACAAATTAATTAGACACGCAAATCAATACATATAAAATTACTAAAATACTTTTTTATTTTTTATAAAAAGAGTGTTTTATCTCTTTTGTAAAAAAACTACGGAAACTTTTATTTATTATAATAGTTGGATCAAAGTAGTATTTTTTTGATAAATTTTAAATTTTAATTGTGCACTTATTTTAGAACGGAGGGAGTACGTCTGAACTGATATTTTGTTGGCTTTCATGTAAAAACTTT 0 2 5' arm Panicum_virgatum mirnest MIR806 0.00006 100 -53.7 .....(((((((((((((((((((((.(((((((.(((((.....................((((............(((((....(((((((....((((((((((((((..........))))))))))))))....)))))))((((.(((((.((((((.((((.....)))).))))...))...))))).)))).)))))............)))))))))...))))))))).))))))))))))))))))).... (-53.7)