mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GCTCACTCTCTATCTGTCAGT TGACAGAAGAGAGTGAGCAC GAGGAGCTGGGTTTTGAAGGTTTGACAGAAGAGAGTGAGCACACATGGTGGTTTCTTAGCATGAGTGCCATGCTGGGAGCTGTGCGTGCTCACTCTCTATCTGTCAGTCACTCATTAGGCCCATCAC CCTTCCCCCCTCTCCGCTCCTCTCCCTCTCTTTGGGTGCGTGTGCAATTGAAAAGTGACAAGCATGGTGATTTCTTGTGTTTGATTTTGTGTTTTCGTTCTGATCTTTCTTGAGCACCCAGAAATCCATGGTGTAGTTTCTTTCTGTTCAGGGCCATTTCATGCATGCTAGCACGCACACATCTATACAACTATATATAGCTAGACCAAAAGAAATTATTTAATGAGTCACACGAGGTCGATCTTCATGGTGCCTTAGGGTTTTTATTTGCAGTTTGCCTGAAAGGGAGGAGCTGGGTTTTGAAGGTTTGACAGAAGAGAGTGAGCACACATGGTGGTTTCTTAGCATGAGTGCCATGCTGGGAGCTGTGCGTGCTCACTCTCTATCTGTCAGTCACTCATTAGGCCCATCACTTCTTCCCCGCTAATATCTTACATGCGGATAGGATCTCTATGTCTTTTCTTCCTAAGTAATAACCAACACGATCTGATTCATGCATGATTTCTATTCATTTTTTTCTTGTAGGGAAACGATTGCAAAGCAAGCAATAATATTGATCAAACTTTCATCAGAGACGACTCTACATACGATAAAAAACAAGATTAGTGGTTGTGTTATTTCTCTATTTTTATTTTCCATTGTAATAAATTCCCAGTCATGTGGGTAGTGGTTGTGTTATTTCTCTCAAATAAGATGATTTTTAGGGTGCTTTCTAGC 1 1 3' arm Panicum_virgatum mirnest mir-156 2e-37 ssp-MIR156 3e-51 -58.3 ...((..((((((((((....(((((((((((((((((((((.((((((....((((((((((.....)))))))))))))))).))))))))))))).))))))))....)))..))))))))).. (-58.3)