mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGACAGAAGAGAGAGAGCACG GCCTTTATTTTTTTTTCAGG GGGCGGCCTTTATTTTTTTTTCAGGACATCGTAACAATCCAAAATTCAAAGTTTCGGACATCAGGAAACCAAGTCCGCTTCCTCGGAACCGGGGCAATGGAGGCACCAACCGAAGGAAGCATCATTGCATCAGGGCATAGTGGGAAAAGGAGTCCTCGAACAAGGATGGTTTTGGGAGCTGGACCTCATGAGTTGTTGGGATGGCGCTGCCACTGCCACTGCCACTGCCAAGGGGGTCGAGAGCCTGAAACCGCGCATGAAGATCAAGCGCTGTGCCGTCTTGCCAGAGCCCTGGTGATGAAGCTTGCATCACTGTGTTGGAGGTGCTGGCGAGGGTGCTCAGGCCAGGGTGCAGCTGAGTGGTAGGGTGGTTGTTGCCAGCACCAGCCGAATTGTTTGACAGAAGAGAGAGAGCACGCTGA ATTCAAGCCCAAAGCTACTGACACAGGAATTCTCATGGGAACGAGGCTCAAATCTGGATTAACTCCAGCCTCAGTTTTGGGCGGCCTTTATTTTTTTTTCAGGACATCGTAACAATCCAAAATTCAAAGTTTCGGACATCAGGAAACCAAGTCCGCTTCCTCGGAACCGGGGCAATGGAGGCACCAACCGAAGGAAGCATCATTGCATCAGGGCATAGTGGGAAAAGGAGTCCTCGAACAAGGATGGTTTTGGGAGCTGGACCTCATGAGTTGTTGGGATGGCGCTGCCACTGCCACTGCCACTGCCAAGGGGGTCGAGAGCCTGAAACCGCGCATGAAGATCAAGCGCTGTGCCGTCTTGCCAGAGCCCTGGTGATGAAGCTTGCATCACTGTGTTGGAGGTGCTGGCGAGGGTGCTCAGGCCAGGGTGCAGCTGAGTGGTAGGGTGGTTGTTGCCAGCACCAGCCGAATTGTTTGACAGAAGAGAGAGAGCACGCTGAAG 3 1 3' arm Panicum_virgatum mirnest 100 dan-mir-289 0.000006 -133 .((((((.(((.(((((((.(((.........((((((((.((((.....)))).)))((.(((((...(((((..((((((((((.....((((.......)).))..))).))))))).((((..(((((((((...((((((...((.(((((......)))))(((((((((..((.((((((.(((((.((..((.((((...))))...))...)).)))..))..)))))).))..)))))))))((((.(((...))).))))....)).))))))....))))))))))))).)))))..)).)))))((((.(((((((((((.(.(((((..((((.(((...)))...)))).)))))..).)))))))))))..)))).)))))))).))))))).))).)).)))).. (-133)