mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CTTGGACTGAAGGGAGCTCC AGCTCTCTCCAGTCCAGTCC GAGAAATTAAGGAGCTCTCTCCAGTCCAGTCCGAGGCAGATCGAAGGCTATAAAAACAGCTGCTGACTCGTTGATTCTTAAGCACATCAATAAGTGTAAAGAAATTGAGGTGTTTGGGATTCAACGATGCATGAGCTGTATTTAGCTATCGCTGTCGCGTCTTGGACTGAAGGGAGCTCCCTGCTATGC CTCCATCAGCTAAAGAATATCTTTGAGCCAAAAATACCACCTTAATATTTTTATAAAGATTGACTGTTTTTTATTGTAAATTATCTGTTTTTTAGGTTTCAAGTATGTGTGCATGTTGCCTTTTTTAATTTTTAGGTTTGATTTAGGCAGTGGAGAAATTAAGGAGCTCTCTCCAGTCCAGTCCGAGGCAGATCGAAGGCTATAAAAACAGCTGCTGACTCGTTGATTCTTAAGCACATCAATAAGTGTAAAGAAATTGAGGTGTTTGGGATTCAACGATGCATGAGCTGTATTTAGCTATCGCTGTCGCGTCTTGGACTGAAGGGAGCTCCCTGCTATGCCACTGCCCTTAATTTTCCATCATAATTTAATTTCAATATTGTGACAGCTTAAACATTTGAGATAATTACAAGTAACCATCCGTATAATAACGCTAAAATAAGGTGAATAGCTTTTACAACATGGTAAATTGCAGCTGCTTTTTCATTTGTAATATTTTCATTAGGTTGCTAGTTGTATATCACCTTTATCACATGAATATAACATACTTGATGCGGAAGAGTCAATTTTTGTTTTCTTTATAGATGAAGAAGATGTANAACTTCAAAGTTGCTTACGTTTT 2 0 3' arm Petunia_axillaris_subsp._axillaris mirnest MIR159 0.0000000002 vvi-MIR319b 0.00000000001 -77.9 ((....))..((((((((((.((((((((..((.(((((...((.(((((..((.((((((..((..(((((((.((((((((((.(((((............))))).)))))))))).)))))))..))..)))))).))))))).)).))))).))..)))))))).))))))))))......... (-77.9)