mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TACTCCCTCCGTTACAAAATA ATTTGGAACGGATGGAGCATG ACACATATATATACTCCCTCCGTTACAAAATATAAGATGTTTTAGCTTTTTTTCTTAAAAACATGTATCTAGATACCTTTTAGGGTGTAGGTTCACTCATTTTACTCCGAACCTATAAACTAAATGGCGTCTAGATACATGTGTTTCAAACAAAAAGCTACTAAAACATCTTATAATTTGGAACGGATGGAGCATGTAACAACA GATACCAAACGACCTCTTATATTTTGAAATGGAAGGAGTAATAGTGTAATACAGCATGACATATCCAGCGCTGGGAGTAGGGATATCAAAAAGCGCAGAAGATGAGAAACAAGATACCTGAAGACTAACAGCAAAAACTACCAATTCAGAGATGCCGTTTCAGTGCCACCACACATATATATACTCCCTCCGTTACAAAATATAAGATGTTTTAGCTTTTTTTCTTAAAAACATGTATCTAGATACCTTTTAGGGTGTAGGTTCACTCATTTTACTCCGAACCTATAAACTAAATGGCGTCTAGATACATGTGTTTCAAACAAAAAGCTACTAAAACATCTTATAATTTGGAACGGATGGAGCATGTAACAACAGATCATCATTTCTGCTTCACTGATGATGCATGATACTGCTCCAGTTCAGCATCAAGATCCGCAGTAGACGCCTGCACACGGTTGCGATCATGCCCTCTGGCTCTACCCCATCCCCGCCGACCACTGTCCTGGACAGTGTTTCCAGGACGACTGCTGCCTTGAGACATTCCTCTTTGGCCACCACCACCCGGACCACTAGCTCCAGGACGATCATTACCATGAAATGGCCCTCTCGGGCCTCCTCGTTGAGGCAGACTGTTTGGAATTGCATTGTAGTTTGAAGAAGCATGGTTTGTACATTAAAGGTATCGTTGGGCATGGTTCGGTTTTATTTCCGATAAGCTCAATCTTCATTGGCTTCCCATCAAGTGAACGCCATTGTATCTCTCATAGCATCAAAGCATCCACTTTTCTGCAA 4 0 5' arm Avena_barbata mirnest MIR1122 0.0000008 tae-MIR1122 0.0002 -77.5 .......(((((.((((.((((((.((((.(((((((((((((((((((((.....(((.((((((((((((((.((.(((((..(((((((((..............)))))))))..))))).)).)))))))))))))).))).....)))))))))...)))))))))))).)))).)))))).)))).)))))...... (-77.5)