mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AAGTACTCCCTCCGACCCATA TGGATCGGAGGGAGTATATAT CTACTCTACATGTCAAATGAAGTACTCCCTCCGACCCATATTAATTGACGTGCATTTGTCAAAATTTGGATGAACCTACATACTAAATAGTGTCTAGATTCATCCAAATCTAGACAAATCCAAGTCAATTAATATGGATCGGAGGGAGTATATATTACTAAAGTTTAAACT CTCAGCTCCGTCCATCAGTACTTCATCCGCATCAAGCATATGGGCGGCAACATTGATGAGGCCGCTATCTTTCAAGGCGTGAATTTTGCTCCCCTGGATTATAACGCTGTTCGTGTAGGGATGGAAGTAGAACTATACTCCAATGGTCAGCTTGTTGCGAAAGCAAGAATTGAAACAAGGGGCCCGGTGATTTGTCAGGTTCGTGTGATTAATGTCTTTCAGAATACTAATGGCGTTCATGAAGGCCAGTCCATTGGATGGGGACGTGAAGATAGTGGGCCCGCCGCCGCCGCTCCAGGAGGTAATTGAGGTAATCTTTTGAAAATCTCTACTTACTCTCTTTTCTGTACTACTCTACATGTCAAATGAAGTACTCCCTCCGACCCATATTAATTGACGTGCATTTGTCAAAATTTGGATGAACCTACATACTAAATAGTGTCTAGATTCATCCAAATCTAGACAAATCCAAGTCAATTAATATGGATCGGAGGGAGTATATATTACTAAAGTTTAAACTACGAATAATGTGCACACTTCATTGCATCAAGTCATCGTGTTGTCCCTCCCTCCTTAGTGGTGGTAGCTATGAATGATTGTAATTGGGTCGATGAACCCTTAGCTGCTTAGGTTTTGTCTCACCTGATGTAACCATTCTGTAACTCCGGAGCAGCAAGTTTCTTACGCACTCTTTTCCTTACTAGGGTACCTAAAGGGACTGGAAGGTTTTTAACG 3 0 5' arm Avena_barbata mirnest MIR1122 0.000000003 bdi-MIR5067 0.0001 -70.3 ........(((.....)))..(((((((((((((.((((((((((((((.((.(((((((...(((((((((((.(((.(((((....))))).))).)))))))))))...))))))).)).)))))))))))))).))))))))))))).................... (-70.3)