mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTGGTTTGAAGGGAGCTCTAC AGAGTTCCTTTTATACCAATC CCAGTAAATGGTAGAGTTCCTTTTATACCAATCAAGGCCTGTGCAAAAGTGATCCGACTGCCGATTTATGCATCCTTCTGCCCTGCCAGTGTTCGTTGTTACAGGCCCGATTTCATTGCAGGTTAGTGGTGTGCATAAGGCGGGAGTTGTATTGATTTTGTGTTGCCCTCGTTTGGTTTGAAGGGAGCTCTACTGGGCGATT GGGGACTCTCCGTCGGCTCCAATTTTTCATTTACCGTTCTTTCTCTCTGAAGGGTTACTTCCCCGGATGCCGGAGGGCCAGGTGCAGATCCATGGACAATACGCGGAATTATTCAGTGAATCGGAGTTGGGAGAATGGAGAATGTCGAATGAGAGGACATGGCGATGATGGATCTGCTCCAATTTATTTGCTGGATGAAGATTCTGTTGAATTAACGCGCTTTCTTAGGTATGTTATATGTAAGTGGGAAGGCCAGTAAATGGTAGAGTTCCTTTTATACCAATCAAGGCCTGTGCAAAAGTGATCCGACTGCCGATTTATGCATCCTTCTGCCCTGCCAGTGTTCGTTGTTACAGGCCCGATTTCATTGCAGGTTAGTGGTGTGCATAAGGCGGGAGTTGTATTGATTTTGTGTTGCCCTCGTTTGGTTTGAAGGGAGCTCTACTGGGCGATTGACATTCTTCATTTGACATATTTTCTGTATGATTAGGTTTCAAATTTCTAACTTATGTTAGATTGAATTTCATTTTTTTTTGAATTTGAATGCCCTCGTTTATATAAACAAGTAGAGATCGAAATCTTTGATGGTCTGTGCCTTTGTAAGAAGTGCAGTGTCTTCAAGTTTAGATCTATCAAATTCTAAGTGCTTGGCAACGAACGGCATTGTAATCTATCTGTTAGCTAGGACGGTCTCGTTGTGTTGATAGCATTTTCAACATTGCTTCACTTTGAACAGGTAGCCGGATCTTATATACCTATATTAAGAACAGTTCACTATTGCTTCTCGTTGTGTTGATAGCTAGGACGGTCTCGTTGTGTTGATAGCATTTTCAACATTGCTTCTTACTTTTGACAGGTAGCCGGATCTTATATACCTA 1 0 3' arm Picea_sitchensis mirnest 100 100 -75.1 ...((...(((((((((((((((((.(((((....(((...(((((((.((((.(((((.(((.(((((((((.((.(((.(((((.((((.(((..((.....)).)))...))))))))).))).)).))))))))).))).))))).)))).)))))))..))).....))))).))))))))))))))))).)).... (-75.1)