mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GGTCTAGGTGGAGTTGGAAAAA TTTCCACTCCTCCCAGACCCA GATAAAATAGGGATGTGTAGTGAAGGCAATAGGTCTAGGTGGAGTTGGAAAAACTGTAACAATGCCTATATCACATCAGATCAGATTATATCATGAGTGACTGCATGAGTTTTTCCACTCCTCCCAGACCCAGTGGCCTTAAAACTACATGACATCCCTG TTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGAGAAACCAAAAGTAACTGTATACCAAAAAATAATATAGAGAATGGAAATAATAAGCTGAAACATATAAATATCTAACGGCAAACCTGTGCCATGCGAGCAGATCATATAAATATCTAACGGCAAACCTGTGCCATGCGAGCAGATCTGAACAGCAACAGAATTACAAGTGCAGATAAAATAGGGATGTGTAGTGAAGGCAATAGGTCTAGGTGGAGTTGGAAAAACTGTAACAATGCCTATATCACATCAGATCAGATTATATCATGAGTGACTGCATGAGTTTTTCCACTCCTCCCAGACCCAGTGGCCTTAAAACTACATGACATCCCTGTAATACCTACAGGACATAATCTCCATATTCTTCATAGACTGTCTACTGTGTTGCGTTGGGAAGGGAACTGTGATGAAGGCAACAGGAATGGGAGGAGTAGGGAAGACTGGTGAGATTAGAGCAAATAATTATTGAAGCAGCCTCACTTAACCGCAGTCTTACCCTATCCTTCCACTCCTCCAAACTTCATCCATACACATCCCTTTCTCACAACCAACGGCCTTCCCTTCC 2 1 5' arm Picea_sitchensis mirnest 100 pab-MIR3704 6e-53 -56.6 .......((((((((((((((.(((((....(((((.((.(((((.(((((((((......((((.....((((.((((((........))).)))))))..)))).)))))))))))))).)).))))).....)))))...)))))...))))))))) (-56.6)