mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCATCTTCATCATCATCCGCC TGGTGGTCGTGGCGTGATG GGGTAAAGTTGGTGGTGGTCGTGGCGTGATGGGATTTTGTATCTGTCCGTTAGAGACTCCGGCGAGGCTACTGTGGACCACTAGCTTCTTCCGCCACAAGCTTATGATTTTCTAATAATTTTCATAATTTTAATTACAAAATCACCATCATCTTCATCATCATCCGCCTCATAAAAA GCACAACACAACACAAACAAAAGACACAAACTCACCGGAACTTGAAACTCCGGTGACCAAATATTTTTGTTTTGTTTAGTTGCATAAATATTTTTCGTTTTCTTAGTGTTTTCTTTTTTCTCTAGAAAAATATTTGCAAAATTAGTCAAATAAAAAATTTAAGCACTGGGTAAAGTTGGTGGTGGTCGTGGCGTGATGGGATTTTGTATCTGTCCGTTAGAGACTCCGGCGAGGCTACTGTGGACCACTAGCTTCTTCCGCCACAAGCTTATGATTTTCTAATAATTTTCATAATTTTAATTACAAAATCACCATCATCTTCATCATCATCCGCCTCATAAAAACCCTTTTTTATTTAAAGTTGCCGGAGATCTGACACAAAAAAAA 2 2 3' arm Poncirus_trifoliata mirnest mir-598 0.0006 100 -43.2 ..........(((((((((.((((.((((((((((((((((...(((.......)))...((((((((((.((.....)).)))))))....)))..(((.((((((..((.....))...)))))).)))...))))))))).)))))))..)))).)))).)))))......... (-43.2)