mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ATCTCTCCTCTCTCTTCTTCT AACACAGAGAAGGAGAAATTA ACAATACATTCGAACACAGAGAAGGAGAAATTACAAAATACCAAACTCAATACTACGAATAATCTGGATCTTTTTGTACGGCCGAGTACTACACCACGCAAAGAGCAGCCAAAGATGCCCCCCATAGTTCTCAACGCTATCCAGATGTATAACTGTTAATATCTGTTATCCGGACAAGCTGTCCTCTGGGGAAAGGTTGAGTTAATGCTTCAAGGGATAAGCGCTTCCATCGAATTTTGCAACAGCCTCATTCGGCTTGGGCGTCTCCAATCTCTCCTCTCTCTTCTTCTTTTCCCTCT GCATTTTTTTTTTTTTTTTTTCTTTTTCACCAAAATATATAATTTTTTTTTTTTGAGTAACATTCATCACCAGATACCTCTTTCATATATTGTCAAATAAGTGAAGAAAACAATACATTCGAACACAGAGAAGGAGAAATTACAAAATACCAAACTCAATACTACGAATAATCTGGATCTTTTTGTACGGCCGAGTACTACACCACGCAAAGAGCAGCCAAAGATGCCCCCCATAGTTCTCAACGCTATCCAGATGTATAACTGTTAATATCTGTTATCCGGACAAGCTGTCCTCTGGGGAAAGGTTGAGTTAATGCTTCAAGGGATAAGCGCTTCCATCGAATTTTGCAACAGCCTCATTCGGCTTGGGCGTCTCCAATCTCTCCTCTCTCTTCTTCTTTTCCCTCTCGACGTATTCCTTGAGAAGTTCCTTGGCTTGAACCAATTTCGAGAGCAAGTTGCGGTAAACGTCAAGGTCTCTATCCACGCTCTTTTTATTGATGTTTAGAGCAGCACAAAGCTTGTCTAGTACGGTTGGCTCCGTCGCATTTGAGAGCTCAAGCAAACGGAACAAGCCAACAGCAAAGAACCGGCTGTAGCTGAAGTTTCCCTTACCCTGGGCCCTTTCTGATATATCTTTCAGAATGGACTCTATTTCCCCATCTCTGGAAGAAAATTCAACTAACAAGTTACCATTTTGTGAGCGAGCCCACTCTTCCATCCTTTGCGCATCAGCCCTGTATTGCTCAGGATCTTCATTTAACGCCGTTACATATGACTTGAAGATGGCATCCCTGTCCTCGTTGCTGGGGTACCCTTCCATAAGCTGGTCATAGA 4 2 3' arm Pseudoroegneria_spicata mirnest 100 100 -58.7 ...........(((...(((((((((((.(((((((((..(((.....................)))....))))))..(((...((.((...........)).)).)))..(((((((((((..(((.((((((.((.((((((.(.(((((...........))))).)(((((...)))))))))))...)))))))).....)))....)))....(((.(((....)))...)))...((((......)))).))))))))..))).)))))).)))))..))).......... (-58.7)