mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TACTCCCTCCATCCCAAAATG TTATGGGACGGATGGAGTAGT ACAATAAAATCTACTCCCTCCATCCCAAAATGTAAGACGTTTTTGTTCAAAAAACGTCTTACATTATGGACCAAAAACGTCTTACATTATGGGACGGATGGAGTAGTAATTTGGG GCATTTTTTCTTTTTTTTTTTAAGTGAAAGGTACTTCGCTTCTATAAATTGCTGATCCAAGTTGTTGGCACCTACTCAACATCATCTGTTTGAGCAATTTTAACACGGTCCCTCTTACCCTCTCTTTTCACACTACTTAATTAAATCAATGGCTCAGATCTTTATATACTCTTACCTCTCTTGTGCAAAGAGTAGGCAAGAGGGACCATGTTAAAAAACCTCATCTTGTTTATACTCCTTCCGTCCCAAATTACTTGTCCTAGATTTGTATAGATACGGTTGTATCTAACAATAAAATCTACTCCCTCCATCCCAAAATGTAAGACGTTTTTGTTCAAAAAACGTCTTACATTATGGACCAAAAACGTCTTACATTATGGGACGGATGGAGTAGTAATTTGGGACGGAGGTAATACATGACTTAAGAAACGATGGTCAAGTGCAGCATCCGATCACAAGTTGATCAAAAAGAGCTCAGAGCCAATTGAACTGGTAGCTCATACTGCAAACAGAAGCATCGGATCACAAATCATCAAAAAGAGCTCGAGCCAATTGAAGCAGGTAGCAGAGACTCCAAACAGAACTCAAACTTCATACTACAATTAGTTTTGGGAACTTAGAAAAAGCTTAAACCAATAGAAAAACTAGACTGAGACGAGCCACCAGCAGCATTAGCAGTCCACCGTATGTCCACTTGAAACAGATAGGGCAGCTCTCACTTCTAGTTTTAACCTT 3 0 5' arm Pseudoroegneria_spicata mirnest MIR1122 0.00000003 tae-MIR1130 0.00000002 -47.9 .(((......(((((((.(((.(((((.(((((((((((((((((((((.((...........)).)))).))))))))))))))))).))))).))).)))))))....))).. (-47.9)