mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TACTCCCTCCGTCCGAAAAAG TTTTCGGACGGAGGGAGTATG TTGGACCTTAGTACTCCCTCCGTCCGAAAAAGATTGTCTCTCAAATGGATGTATCTAGCACCAAGTTAGTGCTAGATACATCCATTTGAGGCACAAGCTTGGGACAAGCTTTTTCGGACGGAGGGAGTATGTGCTAATA CACAAATGAGCTGGTTTTACGTGACCTACCCGAAGAAGCCATTCTCTTGAAAGTCAACAATAAGATTCCGGGACTTGGGCTCCAGTTGGATGCTTCAGAGCTCAACCTACTTTACAGGGATAGGTACGACGTTGAAGTTCCAGATTCATATGAGCATCTTCTTTTGGATGTTCTAGATGGCGATAGTCATCTGTTCATGCACAGTGACGAATTAGCTGCTGCATGGAGCGTATTGGCACCTATACTCCATGAGATCGACCAGAAGAGGGTTGCTCCTGAGCTCTACGAGGCTGGGGATAAAGGACCAATTAATGCTTACTATCTCGCAGCTAAACATGGAGTCCGATGGGATGATGGCTGCTGAGCTGATACTTGGGAGCTGCTCAATGTATTTCGCTTCCTTCTCTCTGTGTAGCAAAATCTGTTCGGTGAACTAAAACAAGAAATGGAGAAAAAAGGTATTTCTTGCTTGTTGATTCAAACCCTTCGAAGGTGGATCAAAGCCACTATTACTGACCGAGCTGATATGTTGCACCCGACAATGAGGATGGAGGCGAGCATTGAGCGAGTCGTGTGGGGTGACTTGTGTAAATTGGACCTTAGTACTCCCTCCGTCCGAAAAAGATTGTCTCTCAAATGGATGTATCTAGCACCAAGTTAGTGCTAGATACATCCATTTGAGGCACAAGCTTGGGACAAGCTTTTTCGGACGGAGGGAGTATGTGCTAATAGTTGCAAACATCTTATGGAAATGTCTCGGTGTCATGTTAAAAAAAA 0 0 5' arm Pseudoroegneria_spicata mirnest MIR1122 3e-42 tae-MIR1133 1e-41 -79.4 ((((......((((((((((((((((((((((.((((((((((((((((((((((((((((.......)))))))))))))))))))))(((....))).))))))).))))))))))))))))))))))...)))).. (-79.4)