mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGGAATGTAAAGAAGTATGTAT AAGTACTTCTTTACTATCCCATA CCAGGCCTGTTAAGCATAAGTACTTCTTTACTATCCCATACTGAACTCAATTGTATGGAATGTAAAGAAGTATGTATGGTTAGCAGGCTACCACGT 2 1 3' arm Branchiostoma_floridae mirbase mir-1 2e-36 lgi-mir-1 0.000001 -44 ...((((((((((.((((.((((((((((((.((.((((((...........)))))).)))))))))))))).)))).))))))))))....... (-44.00)