mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AGCACCATTTGAAATCAGTGCTT GACTGGTTCCAAGTGGTGGGTAG CACTGCAGGTTTTCTATCCTGGAAGACTGGTTCCAAGTGGTGGGTAGATGGCACTGAGATCTAGCACCATTTGAAATCAGTGCTTTCAGGACTAG 2 2 3' arm Branchiostoma_floridae mirbase mir-29 0.00002 cte-mir-29b 0.000001 -37.3 .............(((((((((((((((((((.((((((((.(.(((((.........))))).))))))))).))))))).))))))))).))) (-37.30)